| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 729,100 | C→T | 7.7% | Q196* (CAG→TAG) ‡ | rluD → | 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 729,100 | 0 | C | T | 7.7% | 254.9 / 9.1 | 92 | Q196* (CAG→TAG) ‡ | rluD | 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/44); new base T (2/5); total (42/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
TGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATGGCCCACGTGGGTTTC > NC_002947/728951‑729246 | tggtggCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGCGGCAAGATCGACGCGCCCAGCGGCCGCCACGGCGGCATGCGcc > 2:1909432/1‑150 (MQ=255) gtggCCACGACCCTGTATGTGCAGACTAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGACGATTGCACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAg < 1:117586/150‑1 (MQ=255) gtggCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAg < 1:1649059/150‑1 (MQ=255) ccAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCa < 2:666324/150‑1 (MQ=255) cAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCAt > 1:298849/1‑150 (MQ=255) cAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCAt > 2:219910/1‑150 (MQ=255) aGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGCGCAGGTGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATgg < 2:1590638/150‑1 (MQ=255) aGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATgg < 2:298849/150‑1 (MQ=255) aGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATgg < 2:547731/150‑1 (MQ=255) aGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGACCGCCACGGCGGCATGCGCTGGCGCATgc < 2:88149/150‑2 (MQ=255) gACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGCCATGCGCTGGCGCATgcc < 2:717435/150‑3 (MQ=255) ccTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCTGGCGCATgc < 1:772663/146‑2 (MQ=255) ccTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCTGGCGCATgc > 2:772663/1‑145 (MQ=255) ccTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGt < 1:1760936/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGCCATGCGCTGGCGCATgccgccg < 1:273202/150‑7 (MQ=255) tGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTaa < 1:386812/150‑1 (MQ=255) cAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCaa > 1:1255550/1‑150 (MQ=255) cAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCAATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCaa > 1:373737/1‑150 (MQ=255) 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cATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGt > 1:824944/1‑150 (MQ=255) cGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGca < 2:1672147/150‑1 (MQ=255) cGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGca < 1:673537/150‑1 (MQ=255) ccgccACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGCCGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACAt < 1:495469/150‑1 (MQ=255) cgccACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATg > 1:255166/1‑150 (MQ=255) gccACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATgg < 1:1369560/150‑1 (MQ=255) ccACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATGGc > 2:327030/1‑150 (MQ=255) ccACGGCAGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACccacc < 2:1299935/131‑1 (MQ=255) ccACGGCAGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACccacc > 1:1299935/1‑131 (MQ=255) aCGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATGGccc < 2:501780/150‑1 (MQ=255) gcggcATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATGGCCCACg > 1:172385/1‑150 (MQ=255) agccATGCGCTGGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCacac > 1:1496262/4‑87 (MQ=255) agccATGCGCTGGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCacac < 2:1496262/84‑1 (MQ=255) aTGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGt > 1:831559/1‑95 (MQ=255) aTGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGt < 2:831559/95‑1 (MQ=255) aTGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATGGCCCACGTGGGt > 2:84801/1‑150 (MQ=255) cgcCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATGGCCCACGTGGGTTTc < 1:1256937/150‑1 (MQ=255) | TGGTGGCCAAGACCCTGCAGGCGCAGACCAAGCTGGTCGAGCAGATGCAGGCCCGCAAGGTCAGCCGCATCTACGAGTGCATCGTGATTGGCGTGGTGACTGCCGGTGGCAAGATCGACGCGCCCATCGGCCGCCACGGCGGCATGCGCCAGCGCATGGCTGTAACCGACGGCGGCAAGCCGGCGGTCAGTCACTACCGCGTACTCAAGCGCTTCCGCTCGCACACCCATGTGCGGGTCAAGCTGGAAACCGGCCGTACCCACCAGATTCGCGTGCACATGGCCCACGTGGGTTTC > NC_002947/728951‑729246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |