| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 871,192 | A→T | 6.7% | intergenic (+37/+38) | PP_0753 → / ← PP_0754 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 871,192 | 0 | A | T | 6.7% | 276.3 / 8.9 | 89 | intergenic (+37/+38) | PP_0753/PP_0754 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/45); new base T (3/3); total (41/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
CATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTGGCGG > NC_002947/871047‑871341 | cATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAgg < 1:1312136/150‑1 (MQ=255) tggtctactgtgcgcttggcggacatgtgcatgaggacttgcccgaagtggatgccggcactgggttcagcttgctggatttccacatagaagcggcgtcgatctgtaccggccagacaacaaAAAACCCGCTGCCTGAGTGAc < 2:1000147‑M1/21‑1 (MQ=255) tggtctactgtgcgcttggcggacatgtgcatgaggacttgcccgaagtggatgccggcactgggttcagcttgctggatttccacatagaagcggcgtagatctgtaccggccagacaacaaAAAACCCGCTGCCTGAGTGAc > 1:1000147‑M1/124‑144 (MQ=255) tctactgtgcgcttggcggacatgtgcatgaggacttgcccgaagtggatgccggcactgggttcagcttgctggatttccacatagaagcggcgtagatctgtaccggccagacaacaaAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCgg > 2:952004‑M1/121‑150 (MQ=255) gcCGAACTAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGctg < 2:847392/150‑3 (MQ=255) gcCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGTgg < 1:751753/150‑1 (MQ=255) gcCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCgg < 1:1166104/150‑1 (MQ=255) cGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCgggg > 2:1374364/1‑149 (MQ=255) cGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGt < 1:1746428/150‑1 (MQ=255) ccAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAGAACCCGCTGCCTGAGTGAGAGGCAGCggggggtt > 1:123087/1‑145 (MQ=255) ccAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGttttt > 1:1031993/1‑150 (MQ=255) cAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGtttttt < 1:1899708/150‑1 (MQ=255) ggACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTttgt > 2:489176/1‑150 (MQ=255) 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cTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATcc > 1:1514845/1‑150 (MQ=255) tGACCCGCCTGTTCAAGGACTCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCa < 2:392028/150‑1 (MQ=255) gCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGc < 2:1463842/150‑1 (MQ=255) tGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGa < 2:1176054/150‑1 (MQ=255) gTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGaa < 2:1795964/150‑1 (MQ=255) gTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGaa > 1:270478/1‑150 (MQ=255) gTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGaa < 2:270478/150‑1 (MQ=255) ttCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGCGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAg < 1:1478774/144‑1 (MQ=255) ttCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGCGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAg > 2:1478774/1‑144 (MQ=255) aaGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCa > 2:1391019/1‑150 (MQ=255) ggACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGt < 1:1135914/150‑1 (MQ=255) cccGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGcc > 1:200544/1‑150 (MQ=255) ccGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCg > 2:341560/1‑150 (MQ=255) cATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATc < 1:1173402/150‑1 (MQ=255) aTCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCg > 2:935443/1‑144 (MQ=255) aTCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCg < 1:935443/144‑1 (MQ=255) ggCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACtt > 2:1285407/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTACAAGAAAACCCGCTGCCTGTCACTCAGGCAGCGGGttttctt < 1:526274/74‑4 (MQ=14) gCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTACAAGAAAACCCGCTGCCTGTCACTCAGGCAGCGGGttttctt > 2:526274/1‑71 (MQ=14) cAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCg < 1:1391019/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACNTCg < 2:1189541/150‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGTCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCgg < 1:580562/150‑1 (MQ=255) aGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCgg > 2:1394431/1‑150 (MQ=255) aGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTAAGGTGGTACGAGTAAATACGCATCCTTAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCgg < 1:1374364/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTttgtt > 2:684353/1‑72 (MQ=255) gTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTttgtt < 1:684353/72‑1 (MQ=255) gTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGc < 2:663780/150‑1 (MQ=255) 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acaacaaAAAACCCGCTGCCTGTCACTCAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCgg < 2:324077‑M1/116‑1 (MQ=255) gCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTGCAGATCTACGCGGCTTCGATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTGCTAATGCACATGTGCGCCAAgc > 2:717104/1‑150 (MQ=255) aGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTCCGCCGCCTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCGCTTCGGGCAAGTGCTCGTGCACACGTTCGCCAAGCGca < 2:169645/150‑1 (MQ=255) CCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAg < 1:632283‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTGTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTAGGCCGCTTCTGTGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGa < 1:63640‑M1/150‑1 (MQ=255) CGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGAc > 2:1514845‑M1/1‑150 (MQ=255) GCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCAc > 2:127228‑M1/1‑104 (MQ=255) GCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCAc < 1:127228‑M1/104‑1 (MQ=255) GCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCaa < 1:1285455‑M1/136‑1 (MQ=255) GCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCaa > 2:1285455‑M1/1‑136 (MQ=255) CTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCa < 2:286876‑M1/150‑1 (MQ=255) TGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTc > 2:138470‑M1/1‑101 (MQ=255) TGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTc < 1:138470‑M1/101‑1 (MQ=255) TGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCTCACAGTAGACCAGCCAc > 1:907775‑M1/1‑150 (MQ=255) tGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAg > 2:106847/1‑67 (MQ=255) tGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAg < 1:106847/67‑1 (MQ=255) tGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAgc > 2:1172349/1‑128 (MQ=255) tGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAgc < 1:1172349/128‑1 (MQ=255) gACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTTTCTTGCCGGTACAGACCTACGCCGCTCCGATCTTGAAATTCTGGATGGTGGACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTGGCg < 1:697483/150‑1 (MQ=255) gACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTGGCg < 1:638777/150‑1 (MQ=255) aCAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTGGCgg < 1:1815242/150‑1 (MQ=255) | CATGGCGCCGAACCAGGACACCAACACCCAGCTGGTGGGTGATGTGCTGAGCGATGCCCTGACCCGCCTGTTCAAGGACCCGAGCATCGGGCAGGTGCTGGGTCAGTAAGCTTCAGGTGGTGCAAGAAAACCCGCTGCCTGAGTGACAGGCAGCGGGTTTTTTGTTGTCTGGCCGGTACAGATCTACGCCGCTTCTATGTGGAAATCCAGCAAGCTGAACCCAGTGCCGGCATCCACTTCGGGCAAGTCCTCATGCACATGTCCGCCAAGCGCACAGTAGACCAGCCACTGGCGG > NC_002947/871047‑871341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |