| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 998,973 | G→A | 5.5% | G383G (GGC→GGT) | PP_0861 ← | outer membrane ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 998,973 | 0 | G | A | 5.5% | 216.0 / 2.2 | 73 | G383G (GGC→GGT) | PP_0861 | outer membrane ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/34); new base A (2/2); total (37/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
GCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGCCCTTGCTGTCGTCGGGCTGGGTCAGGATGTAGTCCTGCATG > NC_002947/998829‑999117 | gCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTAGCTGTTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAAc < 1:127715/150‑1 (MQ=255) ccACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACg > 1:1839758/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTaa > 2:1281706/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTaa < 1:1620780/150‑1 (MQ=255) gATCAGGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGGGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGaa > 2:1508174/1‑150 (MQ=255) aTCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAAc > 1:1286847/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGAt < 1:1281706/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATc > 2:1379126/1‑150 (MQ=255) ccTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCg < 2:647666/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCgg > 1:1173704/1‑150 (MQ=255) cTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCgg > 1:2854/1‑150 (MQ=255) cAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCtggttg > 1:1018871/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCtggttggg > 2:1136603/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGGTGGCAGACCCGGGTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTGTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCtggttggt < 2:414435/150‑1 (MQ=255) tGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAg > 2:140193/1‑150 (MQ=255) ttGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTtggtgg < 2:1564235/145‑1 (MQ=255) ttGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTtggtgg > 1:1564235/1‑145 (MQ=255) ggCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGc < 2:1286847/150‑1 (MQ=255) 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gCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCCCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGcc < 2:1176980/150‑1 (MQ=255) ccggtgtctgtgtCGACGGTTTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCCCGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACgg < 2:905207/149‑1 (MQ=255) aCGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACgg > 1:266499/1‑150 (MQ=255) aCGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACgg > 1:1399453/1‑150 (MQ=255) gtgtcggtgtcgACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGgtg < 1:979670/150‑1 (MQ=255) tgtcgACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGATAAGCTGTTTTTCATGCCACCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTc > 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tcgctcTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCCTTTTGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGttgttg > 1:679234/1‑150 (MQ=255) gctcTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGAc > 2:1861440/1‑150 (MQ=255) ctctctTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAATCTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACg < 1:977265/150‑1 (MQ=255) ctctctTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGTCACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACg < 2:2854/150‑1 (MQ=255) ctctctTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACg < 1:1861440/150‑1 (MQ=255) tctctTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGATGCCGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGt > 1:1433938/1‑150 (MQ=255) ctTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGc < 2:1018871/150‑1 (MQ=255) ctTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGc < 2:1443395/150‑1 (MQ=255) ctTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGc > 2:534012/1‑150 (MQ=255) ttCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGgt < 1:1116152/111‑1 (MQ=255) ttCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGgt > 2:1116152/1‑111 (MQ=255) 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tGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGCCCTTGCTGTCGTCGGGCTGGGTCAGGATGTAGt > 1:1543404/1‑150 (MQ=255) gTTTTTCATGCCGCCCACTAATTACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGCCCTTGCTGTCGTCGGGCTGGGTCAGGATGTAGTc < 1:574315/150‑1 (MQ=255) gTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCtggttggt > 2:748518/1‑51 (MQ=255) gTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCtggttggt < 1:748518/51‑1 (MQ=255) aTGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGCCCTTGCTGTCGTCGGGCTGGGTCAGGATGTAGTCCTGCATg > 2:845622/1‑150 (MQ=255) ccgccAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGCCCTTg < 2:340537/111‑1 (MQ=255) ccgccAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGCCCTTg > 1:340537/1‑111 (MQ=255) | GCCACTGGTGGCGCCGATCATGCCTGGGGTGCAGTTGCTGTTGGCAGACCCGCCTGGCACGGTGTCGGTGTCGACGGTGTAGCTTGAGCGCTCGCTCTCTTCACGGCTCAGTTCGATACCGGTCGAGAAGCTGTTTTTCATGCCGCCAACGTAAAACTCGCCGAACAGATCGGTCTGGTTGGTGGTAGTGGCGGTGTTGCCGACACGGGTGTTGGCGCGGCGCCAGACACTGCCGTTGTTGACGTTGCCCTTGCTGTCGTCGGGCTGGGTCAGGATGTAGTCCTGCATG > NC_002947/998829‑999117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |