Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,039,265 | G→C | 6.6% | R45G (CGC→GGC) | PP_0897 ← | class 1 fumarate hydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,039,265 | 0 | G | C | 6.6% | 267.0 / 5.5 | 86 | R45G (CGC→GGC) | PP_0897 | class 1 fumarate hydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/38); new base C (3/3); total (44/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTCGTCGACGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCTT > NC_002947/1039118‑1039413 | tGTCGTCGACGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTg < 2:1373873/150‑1 (MQ=255) gtcgACGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTgcagc > 1:824583/1‑150 (MQ=255) tcgACGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCACAACAGGATGAACACGGTGACGATCCCGGTGTCCTGGCAGATTTGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTgcagca < 2:687848/150‑1 (MQ=255) aCGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGc < 2:699634/150‑1 (MQ=255) gCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGa > 1:1026888/1‑150 (MQ=255) gCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGa < 1:1109484/150‑1 (MQ=255) gCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGa < 2:824583/150‑1 (MQ=255) gCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGa > 2:1425593/1‑150 (MQ=255) 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cATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTc < 1:21607/150‑1 (MQ=255) gcCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAg > 2:1636822/1‑150 (MQ=255) ccATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGa < 1:773331/150‑1 (MQ=255) ccATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGa < 2:1298513/150‑1 (MQ=255) ccATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGa > 1:1126910/1‑150 (MQ=255) aTCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGAGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATa > 1:118936/1‑150 (MQ=255) aTCCCAGCGCACGTCCATGCCCACACGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATa > 1:1485165/1‑150 (MQ=255) tCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAg > 2:515648/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGc > 1:485234/1‑150 (MQ=255) gcACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGt < 2:485234/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGctcc < 2:1306619/150‑1 (MQ=255) cgTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCtt > 1:1050858/1‑150 (MQ=255) | TGTCGTCGACGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCTT > NC_002947/1039118‑1039413 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |