| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,039,273 | G→C | 6.1% | P42R (CCT→CGT) | PP_0897 ← | class 1 fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,039,273 | 0 | G | C | 6.1% | 259.1 / 7.2 | 82 | P42R (CCT→CGT) | PP_0897 | class 1 fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/36); new base C (2/3); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
ACGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCTTAAAGACGG > NC_002947/1039126‑1039421 | aCGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGc < 2:699634/150‑1 (MQ=255) gCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGa > 2:1425593/1‑150 (MQ=255) gCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGa < 2:824583/150‑1 (MQ=255) 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aTGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAgcgc > 2:1535169/1‑150 (MQ=255) ggAATCG‑CCTGCTGCACGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAg < 2:1713058/117‑1 (MQ=255) ggAATCG‑CCTGCTGCACGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAg > 1:1713058/1‑117 (MQ=255) aTCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGctcc < 2:1306619/150‑1 (MQ=255) cgTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCtt > 1:1050858/1‑150 (MQ=255) cagGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCTTAAAGACg < 1:839553/150‑1 (MQ=255) agGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCtt < 1:171303/142‑1 (MQ=255) agGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCtt > 2:171303/1‑142 (MQ=255) agGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCTTAAAGACgg < 2:1246639/150‑1 (MQ=255) agGCGATTCCGCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGTGTAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCTTAAAGACgg < 1:595546/150‑1 (MQ=255) | ACGCTCATGGTGGCGCCATCCCAGCGCACGTCCATGCCCACGCGGATGAACACGGTGACGATACCGGTGTCCTGGCAGATTGGACGATGGCCGGTGGCGCACATGCGCGAGTTGATCAGGATCTGGGCGATGGAATCG‑CGTGCAGCAGGCGATTCCTCACGCAGATAGGCCTCGTGCATGGCCTGGATGAAATCGACGGGGTGGTAGTACGAGATGAATTGCAGGGCGTCGGCGACGCTCTGAATCAGGTCGTCTTGCTTGATCACGGTCATGCAGCGCGCTCCTCTTAAAGACGG > NC_002947/1039126‑1039421 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |