| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,096,745 | G→C | 7.4% | G74G (GGC→GGG) | lptB ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,096,745 | 0 | G | C | 7.4% | 251.0 / 9.4 | 81 | G74G (GGC→GGG) | lptB | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/40); new base C (3/3); total (38/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
CTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGTCGATA > NC_002947/1096598‑1096892 | cTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGGTTCCGGCACGGGCGCGGcc > 2:659787/1‑150 (MQ=255) tGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGCCGCGCCCg > 1:1539613/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGt < 1:32775/150‑1 (MQ=255) gcagGGTTTCCCTCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGCGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGCCTGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGCCGCGCCCGTGcc < 2:386336/150‑2 (MQ=255) cagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACTGGCGCGGCCGTGCAt > 2:1509835/1‑150 (MQ=255) cagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGCCGCGCCCGTGccg < 2:1539613/150‑3 (MQ=255) cTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGc < 2:482145/150‑1 (MQ=255) tCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtgg < 2:30959/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggtg > 2:1615321/1‑150 (MQ=255) aGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggtga < 2:1554254/150‑2 (MQ=255) aGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggggg > 1:1271414/1‑150 (MQ=255) ctctTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCt < 1:1577553/150‑1 (MQ=255) tctTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGACGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTg > 1:1753476/1‑150 (MQ=255) gcggcgGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACAtg > 2:1082/1‑149 (MQ=255) gcggcCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGCTCGAGGCTTCCTGTGGCAGTTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAg < 1:706733/150‑1 (MQ=255) gcggcCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAg < 1:1878621/150‑1 (MQ=255) ccGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGAt > 2:1123965/1‑150 (MQ=255) ccGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGAt > 1:907597/1‑150 (MQ=255) cGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATc > 1:395969/1‑150 (MQ=255) cGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTAGCAGGCTTGCAAAGGCGATTGGGGCACGGGGGGGGTGGTGAATTTGCTGGAGGCGGACATCTAGGTTGTCGATc > 1:1469124/1‑150 (MQ=255) gATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCa > 1:1300672/1‑150 (MQ=255) gATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCa < 2:1514708/150‑1 (MQ=255) tCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCTGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCgg < 2:1313529/150‑1 (MQ=255) cTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGcc > 2:605629/1‑150 (MQ=255) gTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACTGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCg < 1:1509835/150‑1 (MQ=255) gTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTg < 2:1053166/126‑1 (MQ=255) gTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTg > 1:1053166/1‑126 (MQ=255) ctcGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGc > 1:1872822/1‑150 (MQ=255) tcGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCa > 2:1674961/1‑130 (MQ=255) tcGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCa < 1:1674961/130‑1 (MQ=255) tcGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGcc > 1:1491914/1‑150 (MQ=255) ggacggCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGa < 2:1773345/146‑1 (MQ=255) gCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGc < 2:1300672/150‑1 (MQ=255) ccATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGcc > 2:211022/1‑150 (MQ=255) cATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGTTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGccc > 1:746409/1‑150 (MQ=255) cATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGCCGCGCCCGTGccgg > 1:1255434/1‑85 (MQ=255) cATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGCCGCGCCCGTGccgg < 2:1255434/88‑4 (MQ=255) gatgTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGAc > 2:1923095/1‑150 (MQ=255) tCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATg < 2:1271414/150‑1 (MQ=255) ggCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTCCTGGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTa < 1:1152683/150‑1 (MQ=255) ggCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCGGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTTGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTa < 1:279735/150‑1 (MQ=255) cgacAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACACGGCACGGGTAATACCTGACGAACCCGACAATCATGGAGAAGCa > 2:495829/1‑150 (MQ=255) gacAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCaa > 2:1806530/1‑150 (MQ=255) accgCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTCGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAg < 1:1842564/147‑1 (MQ=255) ttGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTc < 2:1753476/150‑1 (MQ=255) ttGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCGGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTgggc > 2:637345/1‑148 (MQ=255) ggAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGa < 1:732711/87‑1 (MQ=255) ggAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGa > 2:732711/1‑87 (MQ=255) ggAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGc > 2:656612/1‑150 (MQ=255) ggAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGc < 2:973599/150‑1 (MQ=255) ggAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGc < 2:1285904/150‑1 (MQ=255) 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CTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGTTGGGGCCGAGCAGGCCGACGATCTGGCCGCTGTCGATA > NC_002947/1096598‑1096892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |