Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,150,010 | G→A | 5.8% | intergenic (‑251/+6) | PP_1008 ← / ← gapA | RNA polymerase subunit sigma‑24/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,150,010 | 0 | G | A | 5.8% | 251.1 / 2.4 | 84 | intergenic (‑251/+6) | PP_1008/gapA | RNA polymerase subunit sigma‑24/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/39); new base A (2/3); total (42/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
CGTTTGCTTTTTTTGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGTTGGCCCGGGTATGGTTGGCATCGAAGATCGACGACAGCGGGTTG > NC_002947/1149864‑1150157 | cGTTTGCTTTTTTTGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTcg > 2:1618432/1‑150 (MQ=255) gTTTGCTTTTTTTGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTcgc < 1:1395056/150‑1 (MQ=255) gCTTTTTTTGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTca < 2:1211941/150‑1 (MQ=255) tttttttGGGAGCAACTGTCTTGCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTcagc > 2:111856/1‑150 (MQ=255) gatgccaaccatacccgggccaacgggcggatgctcaaggtgctggcctggtatgacaacgagtgggggttcagcaaccggctgctggacaactgcctggcgctgcacCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCgg > 2:1092503‑M1/109‑150 (MQ=255) aCTGTCTTGCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTTCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAgc > 1:1089703/1‑150 (MQ=255) cTGTCTTGCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCGCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCcgcg > 1:1074338/1‑150 (MQ=255) tCTTGCGCAATCTCTAAAAGCCGGCGCGAGCCCTGGGGGCGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCa < 1:671506/150‑1 (MQ=25) cTTGCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAg < 1:1017559/150‑1 (MQ=255) ttGCTCAATTTCGAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAgg < 2:604207/150‑1 (MQ=255) gCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGGGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCAACGCATTAGGAGTTCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCAAACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCa < 1:117615/150‑1 (MQ=25) gCTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGAGCTGTTGCCCGCTAACACGGGCGAAGCCCGTGAAATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCa < 1:1374777/150‑1 (MQ=37) ccgggccaacgggcggatgctcaaggtgctggcctggtttgacaacgagtgggggttcagcaaccggatgctggacaactgcctggcgctgcacCGGGCAAGGCCGCTCTCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTg > 2:996383‑M1/95‑138 (MQ=255) ccgggccaacgggcggatgctcaaggtgctggcctggtatgacaacgagtgggggttcagcaaccggatgctggacaactgcctggcgctgcacCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTg < 1:996383‑M1/44‑1 (MQ=255) cTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAg > 2:421960/1‑150 (MQ=255) cTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAg < 2:1628514/150‑1 (MQ=255) cTCAATTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAg < 2:1109568/150‑1 (MQ=255) aTTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGt > 2:633045/1‑150 (MQ=255) aTTTCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCAAGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGt > 2:1098465/1‑150 (MQ=255) tCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCa < 1:421960/150‑1 (MQ=255) tCTAAAAGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCa < 1:1036728/150‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAACCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCCGACCCAGGCAGTTGTCCAGCAt > 2:24659/1‑150 (MQ=255) aaGCTGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCTCCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATc < 2:731126/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGATCCCTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGt < 1:738999/150‑1 (MQ=255) cTGGGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAAcccc > 1:661132/1‑150 (MQ=255) cGGGCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑Tg < 1:1618432/150‑1 (MQ=255) ggCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTc > 2:454411/1‑150 (MQ=255) gCTTGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCa < 1:111856/150‑1 (MQ=255) ttGCCCGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTAGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATa > 1:33117/1‑150 (MQ=255) cccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCa > 1:1199256/1‑150 (MQ=255) ccgcgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaaggccgctcccacacGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAg < 1:100173‑M1/81‑1 (MQ=255) ccgcgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaagcccgctcccccagGGATCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCa < 1:1179293‑M1/35‑1 (MQ=255) ccgcgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaagcccgctcccccagGGATCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCa > 2:1179293‑M1/70‑104 (MQ=255) ccgcgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaagcccgctcccccacGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAg < 1:475883‑M1/81‑1 (MQ=255) ccgcgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaagcccgctcccacacGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGtt < 2:652142‑M1/53‑1 (MQ=255) ccgcgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaagcccgctcccacacGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGtt > 1:652142‑M1/70‑122 (MQ=255) ccacgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaaggccgctcccacacGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAg < 1:1500572‑M1/81‑1 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCa > 2:1480711/1‑144 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCa < 1:1480711/144‑1 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAg > 2:1704513/1‑150 (MQ=255) ccGCGAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGAGACTCTCATTTCCAGCATCCGTTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAg > 2:50226/1‑150 (MQ=25) cgcgAACACGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAgg > 2:640067/1‑150 (MQ=255) gcgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaagcccgctcccccagGGATCGCGCCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGc < 2:1647564‑M1/83‑1 (MQ=255) gcgaagccaacaccgtggtggatggcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaagcccgctcccccagGGATCGCGCCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGc > 1:1647564‑M1/68‑150 (MQ=255) gcgAACGCGGGCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCCGGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGc < 2:1314859/150‑1 (MQ=255) gggCGAAGCCCGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTca > 1:102286/1‑70 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2:1083715/1‑143 (MQ=255) cccGTGCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATc > 1:1502323/1‑150 (MQ=255) gCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATcc > 2:199058/1‑146 (MQ=255) gCCATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATcc < 1:199058/146‑1 (MQ=255) cATCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCGCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCCGCTCTAGGCAGTTCTCCAGCACCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGt > 1:611002/1‑150 (MQ=255) gcacgggcttcgcccgtgttcgcgggcaagcccgctcccccagGGATCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGtt < 2:1487759‑M1/107‑1 (MQ=255) aTCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGTGTGT‑ATACCAGCCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGtt > 2:627858/1‑150 (MQ=255) aTCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑Tg < 1:1895420/115‑1 (MQ=255) aTCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑Tg > 2:1895420/1‑115 (MQ=255) aTCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGtt > 1:1215364/1‑150 (MQ=255) aTCCACCACGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCCTGAGCATCCGCCCGtt > 2:1602981/1‑150 (MQ=255) caccacGGTGTTGGCTTCGCGGGCAAGGCCGCTCCCACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGTTGGc > 2:542052/1‑150 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ccACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGTTGGCCCGGGTATGGTTGGCATCGAAGATcga > 2:694379/1‑143 (MQ=255) ccACACGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGTTGGCCCGGGTATGGTTGGCATCGAAGATCGACGACAGc > 1:869489/1‑150 (MQ=255) acacGGGTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGTTGGCCCGGGTATGGTTGGCATCGAAGATCGACGACAGCgg < 1:633045/150‑1 (MQ=255) gggTCGCGTCAGCCAGCCCGGTGCAGCGCCAGGCAGTTGTCCAGCATCCGGTTGCTGAACCCCCACTCGT‑TGTCATACCAGGCCAGCACCTTGAGCATCCGCCCGTTGGCCCGGGTATGGTTGGCATCGAAGATCGACGACAGCGGGTtg > 2:97658/1‑150 (MQ=255) | 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |