Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,229,085 | G→C | 5.6% | E753D (GAG→GAC) | PP_1072 → | leucine‑rich repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,229,085 | 0 | G | C | 5.6% | 336.7 / 7.7 | 106 | E753D (GAG→GAC) | PP_1072 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/45); new base C (3/3); total (58/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GTTTGCGCCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAG > NC_002947/1228937‑1229233 | gTTTGCGCCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGATCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGt > 1:338746/1‑150 (MQ=255) tttGCGCCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTc > 1:911506/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTgc > 1:1311586/1‑150 (MQ=255) gcCTGCCGCGTTTCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTgcgc > 2:849775/1‑150 (MQ=255) gcCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCagag < 1:53296/143‑1 (MQ=255) gcCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCagag > 2:53296/1‑143 (MQ=255) gcCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTgcgc > 2:1736803/1‑150 (MQ=255) gcCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCCTGAGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTgcgc > 1:1452740/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCAAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAg < 2:1832021/150‑1 (MQ=255) gCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGACGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGa < 2:1472421/150‑1 (MQ=255) gTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTAc < 1:1736803/150‑1 (MQ=255) gCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGgt > 2:1625969/1‑150 (MQ=255) cGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGCAATGACCGTACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGgtg < 1:697750/150‑1 (MQ=255) gTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGGACGgtgt > 1:1239295/1‑150 (MQ=255) tCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTa > 2:68951/1‑150 (MQ=255) ccGGACACCGAACGCCTGGCTTTGCCAGGGCGCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTg < 1:479638/150‑1 (MQ=255) ggACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTgcg > 2:223993/1‑150 (MQ=255) gACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTgcgc < 2:1802426/150‑1 (MQ=255) 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tttGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCg > 2:396557/1‑150 (MQ=255) gggCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTa < 2:911506/150‑1 (MQ=255) ggCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTAc < 2:1311586/150‑1 (MQ=255) gCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACg < 1:67600/150‑1 (MQ=255) cTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGc > 2:1281964/1‑150 (MQ=255) 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aGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAg < 1:1167515/150‑1 (MQ=255) aGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCGGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAg < 2:1087834/150‑1 (MQ=255) gTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTa > 1:714955/1‑150 (MQ=255) gCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATc > 2:209363/1‑150 (MQ=255) cTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTAc < 1:1445172/97‑1 (MQ=255) tGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTCGCACGTGCGGGCTAAAACGGCCCACTGCCTTCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCg < 1:223993/150‑1 (MQ=255) gAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCgg > 1:73335/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGc < 1:858182/150‑1 (MQ=255) aaaTGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGc > 2:275081/1‑150 (MQ=255) aaTGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGcc < 2:1722853/150‑1 (MQ=255) aaTGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGcc < 1:209363/150‑1 (MQ=255) 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gtatcGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCg > 2:577746/1‑150 (MQ=255) tcGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACga < 1:1241024/118‑1 (MQ=255) tcGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACga > 2:1241024/1‑118 (MQ=255) cctgcgcAGACTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGa < 1:538633/112‑1 (MQ=255) cctgcgcAGACTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGa > 2:538633/4‑115 (MQ=255) ctgcgcAGACTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCg > 2:1607714/3‑65 (MQ=255) ctgcgcAGACTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCg < 1:1607714/63‑1 (MQ=255) 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GTTTGCGCCTGCCGCGTTGCGTCAATCCGGACACCGAACGCCTGGCTTTGGGCTTGCTCGAGCGTCAGCTGAAATGGCCGGACACCCTGCGCATCGAACTGCGCGAAGGTAGCCCGAGTGGCCGGTATCTGGCCGGTATCGGCGCAGAGTCTGCGCAGGATGTACGGTGTATCGTGCGCCGCGGCGACGGCTATCGCTACGCCGGTCAAGGTACATCCGGCCCCTACCTGGCGGCACTGTTGGCTGCGCTGGACGAGACGCAGACAGCCGATCTCGGCGATGCCGCTGTCAGTCCAG > NC_002947/1228937‑1229233 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |