| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,237,662 | C→T | 6.7% | L151L (CTG→CTA) ‡ | PP_1078 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,237,662 | 0 | C | T | 6.7% | 164.6 / 2.2 | 61 | L151L (CTG→CTA) ‡ | PP_1078 | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/28); new base T (2/2); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
AGGCTTCTTCCTGGTCATGGGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTGGCGATACCAA > NC_002947/1237514‑1237801 | aGGCTTCTTCCTGGTCATGGGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCa < 1:1705650/150‑1 (MQ=255) cTGGTCATGGGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCCGCGCCCgggg > 1:1015834/1‑149 (MQ=255) cTGGTCATGGGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGc > 1:452731/1‑150 (MQ=255) cTGGTCATGGGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCCCGGGCGCTGGCGCCCGAGc < 1:1357877/150‑1 (MQ=255) cTGGTCATGAGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGCCTCGGGCGCCAGCGcccagat > 2:417164/1‑146 (MQ=255) tGGTCATGGGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGcc > 2:1786255/1‑150 (MQ=255) tGGTCATGGATGACCAAAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAACGTCGCGAAGTTCGTGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGcc > 2:265862/1‑150 (MQ=255) aTGGGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCCCGGGCGCTGGCGCCCGAGccgcaac < 1:1093187/150‑6 (MQ=255) gggTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGa < 1:1416300/150‑1 (MQ=255) gggTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGa < 2:537737/150‑1 (MQ=255) cAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTtg > 2:1338626/1‑150 (MQ=255) cAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTtg > 2:1689858/1‑150 (MQ=255) cAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTtg > 2:1492593/1‑150 (MQ=255) 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ccTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACACCCGCCCa < 2:475640/150‑1 (MQ=255) cTCATGGCTCATGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAg > 2:1732703/1‑150 (MQ=255) cTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAg < 1:1661942/150‑1 (MQ=255) tCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCTGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGc > 2:1601494/1‑150 (MQ=255) tCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGc < 2:452731/150‑1 (MQ=255) cTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCccgccg > 1:562642/1‑150 (MQ=255) tCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGa > 1:1364889/1‑150 (MQ=255) tCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGa > 1:26101/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGAc < 1:867643/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGAc < 1:685258/150‑1 (MQ=255) 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tCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGc < 2:26101/150‑1 (MQ=255) cACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCAt < 2:306676/150‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCCGACCAGGGCGCCACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCCGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCAcctc > 2:294998/1‑150 (MQ=255) gTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGAt > 2:781324/1‑150 (MQ=255) gTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGAt < 1:894141/150‑1 (MQ=255) ggAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGAc > 2:1689177/1‑150 (MQ=255) cTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTg > 2:1701291/1‑150 (MQ=255) cTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTg < 2:1868541/150‑1 (MQ=255) tCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGGTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGt < 1:1261571/150‑1 (MQ=255) cgatctagcagcagTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCTCGCCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGt < 1:17668/144‑1 (MQ=255) aaGCAGCAGCGGTTGCGGCGCGGGGGCGAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGGAACGGCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTgg < 1:1742220/150‑1 (MQ=255) aaGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTgg > 2:1278511/1‑150 (MQ=255) gcagcagTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGACATTGACTCACTGCCAAAACTCTTCTACGACTGCTGCCTGGCGTgagattg > 2:17668/1‑144 (MQ=255) cagcagTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGttt < 2:836716/150‑1 (MQ=255) agcagTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTg > 2:1883633/1‑150 (MQ=255) agcagTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTg > 1:22287/1‑150 (MQ=255) gcagTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTgg < 1:1689177/150‑1 (MQ=255) cagTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATATCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTGGc < 2:1015834/150‑1 (MQ=255) agTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTGGCg < 1:781324/150‑1 (MQ=255) ttGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTGGCGAt < 1:1786255/150‑1 (MQ=255) ctggcccGGGCGCTGGCGCCCGAGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTGGCGATAc > 1:410325/7‑150 (MQ=255) gcccGGGCGCTGGCGCCCGAGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTGGCGATACCaa > 2:270178/4‑150 (MQ=255) | AGGCTTCTTCCTGGTCATGGGTGACCAGAATGGCGCTGGTACCGCGGCTTTTGAGAATGTCGCGAACCTCATGGCTCAGGCGCCGGCGCAGCTCCACGTCGAGGTTGGAGAATGGCTCGTCAAGCAGCAGCAGTTGCGGCTCGGGCGCCAGCGCCCGGGCCAGGGCGACACGTTGCTGCTGGCCGCCGGACAGCTCATGCGGGTAACGCCCGCCCAGCCCGCCGAGTTTGACCAGCTCCAGCATCTCTTCGATGACGGCCGCCTGGCGTGGGTGTTTGGCGATACCAA > NC_002947/1237514‑1237801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |