| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,497,841 | T→G | 8.0% | M141R (ATG→AGG) | PP_1310 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,497,841 | 0 | T | G | 8.0% | 230.5 / 12.5 | 88 | M141R (ATG→AGG) | PP_1310 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/41); new base G (4/3); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
TGCAGCATGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGCAGAATGCG > NC_002947/1497692‑1497990 | tGCAGCATGGCTGCGTGCCAGGCACCCCTGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAt < 1:1588082/150‑1 (MQ=255) cagcaTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCAGGATCGCCCCGGCGGTCATgc < 2:302984/150‑1 (MQ=255) cagcaTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGAGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATgc < 1:1674239/150‑1 (MQ=255) gcaTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACATGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATgcgc < 1:1842122/150‑1 (MQ=255) caTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTTGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAGgcgca > 1:1796845/1‑149 (MQ=255) caTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATgc > 2:1622199/1‑147 (MQ=255) caTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATgc < 1:1622199/147‑1 (MQ=255) aTGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCt < 2:1578379/150‑1 (MQ=255) tGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTAGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGAccg > 2:861873/1‑150 (MQ=255) cGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGAccgcc < 1:1092943/150‑1 (MQ=255) tGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTTGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAGGCGCATGAccgccgg < 2:1796845/150‑2 (MQ=255) ccAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTCACCGCCNAAt > 1:1366392/1‑150 (MQ=255) cAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAAtt > 2:1261940/1‑150 (MQ=255) cAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAAtt < 2:1631066/150‑1 (MQ=255) cAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGGCGGGTGTCTGCGCCGTGTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAAtt > 1:1377223/1‑150 (MQ=255) ggCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTcc < 1:1459331/150‑1 (MQ=255) ggCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGACTGACCGCCGAATTcc < 1:130251/150‑1 (MQ=255) cccGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCAGGCGCATGAccgc > 1:1648971/1‑137 (MQ=255) 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accaGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAgtcgtc > 1:26660/1‑150 (MQ=255) caGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCATCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTcgc < 1:49319/150‑1 (MQ=255) caGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTAGTcgc < 2:634079/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTcgcg > 2:565824/1‑150 (MQ=255) ggCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAGTTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCa < 2:1156617/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGcc > 2:1681075/1‑70 (MQ=255) 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gTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGAGTCCCCATGa < 2:26660/150‑1 (MQ=255) ttCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAAt > 1:72771/1‑121 (MQ=255) ttCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAAt < 2:72771/121‑1 (MQ=255) tCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAgc < 2:432728/150‑1 (MQ=255) aTGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAgctg > 2:604355/1‑150 (MQ=255) tGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAgctgc < 1:31445/150‑1 (MQ=255) tCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGTTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGa > 1:1475093/1‑150 (MQ=255) gCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAgtc < 1:991346/87‑1 (MQ=255) gCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAgtc > 2:991346/1‑87 (MQ=255) ccccGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCg < 1:1923021/78‑1 (MQ=255) ccccGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCg > 2:1923021/1‑78 (MQ=255) ccccGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGt < 1:606232/103‑1 (MQ=255) ccccGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGt > 2:606232/1‑103 (MQ=255) ccGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTg > 2:378590/1‑150 (MQ=255) ggcggTCAGGCGCATGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGCGGTAGTGGGGGGCCGACCGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGc > 2:1483095/1‑150 (MQ=255) gcggTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGCa < 2:501599/150‑1 (MQ=255) gcggTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGCa < 2:202512/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGCAGAATGCg < 1:1852773/150‑1 (MQ=255) | TGCAGCATGGCTGCGTGCCAGGCACCCCGGGCTACCGCTGGTGCTGATGGGCTTTTCGTTCGGTGGTTTCGTTGCCACCAGCCTGGCCGGGCGCCTTGAAACTGCAGGCGTCGAGTTGCAGCACCTGTTCATGATCGCCCCGGCGGTCATGCGCCTGACCGCCGAATTCCCGATGCCGCAGCGCTGCCCGCTCACCGTGGTGCAGCCGGACGCCGATGAAGTCGTCGCGCCGCAGCTGGTTTACGAATGGTCCGACAGCCTGTCGCGTCCCCATGAGCTGCTGAAAGTGGCAGAATGCG > NC_002947/1497692‑1497990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |