| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,726,527 | A→T | 5.3% | L560Q (CTG→CAG) | plsB ← | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,726,527 | 0 | A | T | 5.3% | 331.9 / 6.0 | 107 | L560Q (CTG→CAG) | plsB | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/54); new base T (4/2); total (50/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAGGC > NC_002947/1726383‑1726674 | cccGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑CAGCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCagcagc < 2:1409178/149‑1 (MQ=255) cgTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCa < 2:1137959/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAg < 2:1248349/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAg < 2:275560/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAg < 2:376187/150‑1 (MQ=255) gCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTCC‑GATCAGTGCCTGGCCGAAGCGCTAGCAGCACGG‑CAAGATCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTa > 1:1375940/1‑150 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTG‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGAACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 1:264767/1‑150 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 1:784429/1‑150 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGGCGCCCCCA‑GGCAGGGTGCTGTGCGGCGAGTTGGGCACTTGGCGCGTCGGCGCCAGGTACAg < 2:498347/150‑1 (MQ=255) tCATCCAGGTAGAGGCTGCGGCCCAGGGCGTCCCTCTGCTCGGCCCCCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGGGCGGCGAGTAGGGCACGTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAgg < 2:1674950/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTAGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaa < 1:175660/141‑2 (MQ=255) aTCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTAGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaa > 2:175660/1‑140 (MQ=255) aTCCAGGTAGAGGAAGCGGCCCAGGGCGGCGTGCTTCTCGGCCACCAGCTTCATGCTGTCATCCC‑CAACTGAT‑ATTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTc < 1:974486/150‑1 (MQ=255) 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ggCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGt < 2:1723775/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGtt < 1:646982/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGtt > 2:1777855/1‑150 (MQ=255) cccTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCGGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCgg > 2:1679968/1‑140 (MQ=255) cccTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCGGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCgg < 1:1679968/140‑1 (MQ=255) cccTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATggcg < 1:1312529/150‑1 (MQ=255) ccTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca > 1:1203575/1‑114 (MQ=255) ccTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca < 2:1203575/114‑1 (MQ=255) catCG‑GGAAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATggcgg > 2:1060035/3‑150 (MQ=255) cTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATggcggc > 1:777666/1‑150 (MQ=255) cTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGAAGAGCAGTTGGCGGAGCAGCGCCAGGTACAGGTAGAGTACGCGGGTCAGGGCACGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGAGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGAAggcggc > 2:38603/1‑150 (MQ=255) tCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGgcc < 2:1397867/150‑1 (MQ=255) ggtggtGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCCCCTCGtt < 1:783777/150‑1 (MQ=255) gtggtgTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTg < 2:777666/150‑1 (MQ=255) tggtgTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGa < 2:292940/150‑1 (MQ=255) tggtgTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGa < 1:197543/150‑1 (MQ=255) gggtgTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGNTGa < 2:1199545/149‑1 (MQ=255) gcggcgAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGc > 2:736832/1‑150 (MQ=255) aGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGGGGCGGGCCa > 1:123319/1‑150 (MQ=255) ctgtacctGGCGCTGCTGCGCCAAGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGATTGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGt > 1:871598/8‑150 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca < 2:143162/80‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca > 1:143162/1‑80 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc > 2:1339843/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc > 2:578945/1‑150 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGt < 1:1350951/81‑1 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGt > 2:1350951/2‑82 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc > 2:1134396/2‑150 (MQ=255) gcagcaGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGt > 2:47673/1‑126 (MQ=255) gcagcaGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGt < 1:47673/126‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAggc > 2:803106/1‑150 (MQ=255) | ACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCG‑GGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAGGC > NC_002947/1726383‑1726674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |