| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,726,530 | A→T | 5.7% | L559Q (CTG→CAG) | plsB ← | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,726,530 | 0 | A | T | 5.7% | 321.4 / 7.3 | 107 | L559Q (CTG→CAG) | plsB | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/53); new base T (4/2); total (50/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAGGCGGG > NC_002947/1726383‑1726677 | cccGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑CAGCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCagcagc < 2:1409178/149‑1 (MQ=255) ccGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAgcg > 2:1241429/1‑150 (MQ=255) cgTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCa < 2:1137959/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAg < 2:1248349/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAg < 2:376187/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAg < 2:275560/150‑1 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGACAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 1:992763/1‑150 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGGCGCCCCCAGGCAGGGTGCTGTGCGGCGAGTTGGGCACTTGGCGCGTCGGCGCCAGGTACAg < 2:498347/150‑1 (MQ=255) 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1:1679968/140‑1 (MQ=255) cccTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCGGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCgg > 2:1679968/1‑140 (MQ=255) cccTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATggcg < 1:1312529/150‑1 (MQ=255) ccTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca > 1:1203575/1‑114 (MQ=255) ccTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca < 2:1203575/114‑1 (MQ=255) catCGGGAAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATggcgg > 2:1060035/3‑150 (MQ=255) cTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATggcggc > 1:777666/1‑150 (MQ=255) cTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGAAGAGCAGTTGGCGGAGCAGCGCCAGGTACAGGTAGAGTACGCGGGTCAGGGCACGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGAGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGAAggcggc > 2:38603/1‑150 (MQ=255) tCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGgcc < 2:1397867/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGAGGCTGGTGGACAGCCGTTCATGTGGCTCCAGGTTGACCGGGGTGATGGCGgccgcacc > 2:1754415/1‑147 (MQ=255) ggtggtGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCCCCTCGtt < 1:783777/150‑1 (MQ=255) gtggtgTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTg < 2:777666/150‑1 (MQ=255) tggtgTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGa < 2:292940/150‑1 (MQ=255) tggtgTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGa < 1:197543/150‑1 (MQ=255) gggtgTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGNTGa < 2:1199545/149‑1 (MQ=255) gcggcgAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGc > 2:736832/1‑150 (MQ=255) aGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGGGGCGGGCCa > 1:123319/1‑150 (MQ=255) aGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACgg < 1:304547/150‑1 (MQ=255) ctgtacctGGCGCTGCTGCGCCAAGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGATTGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGt > 1:871598/8‑150 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca > 1:143162/1‑80 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagca < 2:143162/80‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGTCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc > 1:1729503/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc > 2:578945/1‑150 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGt < 1:1350951/81‑1 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGt > 2:1350951/2‑82 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc > 2:1134396/2‑150 (MQ=255) gcagcaGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGt > 2:47673/1‑126 (MQ=255) gcagcaGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGt < 1:47673/126‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAggc > 2:803106/1‑150 (MQ=255) gcagcGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAggcggg > 1:336496/1‑150 (MQ=255) | ACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACAT‑GTTC‑GATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCCCAGGCGGG > NC_002947/1726383‑1726677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |