| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,741,972 | C→G | 7.8% | intergenic (‑18/+66) | PP_1538 ← / ← PP_1539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,741,972 | 0 | C | G | 7.8% | 275.2 / 13.2 | 90 | intergenic (‑18/+66) | PP_1538/PP_1539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/39); new base G (3/4); total (47/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
GGAACACCTCGGTGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCG > NC_002947/1741825‑1742119 | ggAACACCTCGGTGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCat > 2:63240/1‑150 (MQ=255) gTGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCGATATGGCGGCaaa < 2:1311864/150‑3 (MQ=255) gTGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCGATATGGCGGCaaa < 2:1692706/150‑3 (MQ=255) gTGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGt < 1:461508/150‑1 (MQ=255) gACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCCTATCGCGGCAGTGa > 2:429578/1‑150 (MQ=255) aCTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGaa < 1:1785367/150‑1 (MQ=255) cTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCACGGCAGTGAAt > 1:1717725/1‑150 (MQ=255) tGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGGCATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATa > 1:1231432/1‑150 (MQ=255) tGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATa > 1:371914/1‑150 (MQ=255) tGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATa > 1:1518302/1‑150 (MQ=255) agagGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTGCGTCCTGCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTCCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATagag > 2:1657215/1‑150 (MQ=255) agagGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATagag > 2:1251260/1‑150 (MQ=255) gagGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGt < 2:837204/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGga < 2:1565738/150‑1 (MQ=255) aaaGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGgagg > 2:930588/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGgaga > 1:358673/1‑150 (MQ=255) aaGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGagag < 1:997728/150‑1 (MQ=255) aaGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGagag < 2:225293/150‑1 (MQ=255) 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cGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTggg < 2:650254/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCGATATGGCGGCaaag > 1:300174/1‑92 (MQ=255) ttCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCGATATGGCGGCaaag < 2:300174/95‑4 (MQ=255) ttCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGAt < 1:695445/135‑1 (MQ=255) ttCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGAt > 2:695445/1‑135 (MQ=255) ttCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTaa > 2:1596066/1‑150 (MQ=255) 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tCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGt < 2:392512/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTc < 1:63240/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTc < 1:429578/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGAGCAATAACACTGAATTCGGGCGTTCAGAGCTGGCACCGGGGAGTGCGCAAACGTCGTCAGCCACTGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTc < 1:1383280/150‑1 (MQ=19) gCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCg > 1:1916231/1‑150 (MQ=255) ccTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGt < 2:1564225/111‑1 (MQ=255) ccTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGGTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGt > 1:1564225/1‑111 (MQ=255) cactGCCGCGATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGaa > 2:181493/4‑150 (MQ=255) cTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGaa < 2:318938/150‑1 (MQ=255) cTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGaa > 2:174917/1‑150 (MQ=255) cTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGaa < 2:1518302/150‑1 (MQ=255) actGCCGCGATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGt < 1:128344/139‑1 (MQ=255) actGCCGCGATATGGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGt > 2:128344/3‑141 (MQ=255) cgccATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGTGTTAATAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAg < 2:1163060/107‑1 (MQ=255) cgccATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAg > 1:1163060/1‑107 (MQ=255) cgccATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTcc < 2:367367/150‑1 (MQ=255) gccATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTGGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCg > 2:895348/1‑150 (MQ=255) | GGAACACCTCGGTGACTGAAGAGGGAAAGCCTGGCTTAACCGGGCGTCGGGTGACTGTCTTCCGTCCTTCCAGGATGGCTCGGACCATCGGCCCGCTGAACAGGATCGGGCGTTCCTTTGCTTGAGACATAGCTTCGCCTTTGCCGCCATATCGCGGCAGTGAATAGAGTGGAGAGGGGTTACAGCGGGGTGGGGTACAGATGTGCTCTGGGGTTAAGAGCTGGCACCGGGGCGTGCGCAAGCGTTGTCAGCCATGGCGCGGCACTCTACCTGGTGCGGTCCGTCGAACCTTCCG > NC_002947/1741825‑1742119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |