| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,800,221 | A→G | 6.8% | T55A (ACT→GCT) | dnaEA → | DNA polymerase III subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,800,221 | 0 | A | G | 6.8% | 167.5 / 2.1 | 59 | T55A (ACT→GCT) | dnaEA | DNA polymerase III subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/16); new base G (2/2); total (41/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
TCACCTGCGCGTCCACTCCGAATTCTCGCTGGTCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGATCTCGCGCGGCT > NC_002947/1800076‑1800368 | tCACCTGCGCGTCCACTCCGAATTCTCGCTGGTCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGc < 2:1557815/150‑1 (MQ=255) aCTCCGAATTCTCGCTGGTCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGAGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCa > 2:320425/1‑150 (MQ=255) cTCCGAATTCTCGCTGGTCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCAt > 2:1701373/1‑150 (MQ=255) ccGAATTCTCGCTGGTCGACGGCCTGGTGTGTATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCa > 1:1297533/1‑150 (MQ=255) gCTGGTCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAGGGTGTGGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTg > 2:1809338/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGc < 2:1021469/150‑1 (MQ=255) ggTCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCgg > 2:227396/1‑150 (MQ=255) tCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTg > 2:1075918/1‑150 (MQ=255) gATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGtggctggc > 1:1465655/1‑150 (MQ=255) aaCCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTg > 2:629332/1‑150 (MQ=255) aaCCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTg > 2:202149/1‑150 (MQ=255) cTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATTACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCNGAc < 2:1187619/150‑1 (MQ=255) cAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCCACATGTGCTCGCTGGTAAAGATCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGa > 1:1178834/1‑150 (MQ=255) cAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGa > 1:5507/1‑150 (MQ=255) cgcTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGccc < 1:202149/150‑1 (MQ=255) gATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCg > 1:1730022/1‑122 (MQ=255) gATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCg < 2:1730022/122‑1 (MQ=255) gATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTcgcg > 1:354019/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCGGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGCCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGc < 1:253901/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGc > 1:364483/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGc > 2:1886630/1‑150 (MQ=255) cggcggTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGc > 1:1295037/1‑146 (MQ=255) cggcggTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGc < 2:1295037/146‑1 (MQ=255) gcggTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTg < 2:1297533/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCtgt > 2:1852792/1‑98 (MQ=255) ggTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCtgt < 1:1852792/98‑1 (MQ=255) tCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCa > 2:1308658/1‑150 (MQ=255) tCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCa > 2:760392/1‑150 (MQ=255) gcgATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTCCCTCGCCATg < 2:27761/150‑1 (MQ=255) cgATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATgg > 1:793982/1‑150 (MQ=255) gATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGa > 1:228599/1‑150 (MQ=255) cACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCGATGGGccc > 2:938226/1‑150 (MQ=255) aCCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGCGCTCCCCGGTGGGGGGCCGGTGCCGACCCGGAAGACACGCTGCCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGAcccc > 1:512737/1‑150 (MQ=255) gATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCTCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAg < 1:194261/150‑1 (MQ=255) aTCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAgg > 2:502501/1‑150 (MQ=255) agagCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATTGACCCCAAGGGCt > 1:1132210/1‑150 (MQ=255) gagCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTa > 1:1844960/1‑150 (MQ=255) gCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATc < 2:5507/150‑1 (MQ=255) cAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCAGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCCACCCGGAAGCCCCGCTTTCGCGCATCTGCTTCCCGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCg > 2:877585/1‑150 (MQ=255) aTGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGGGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACGCCAAGGGCTATCGCAAc > 1:91930/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCACGGGCTATCGCAACCTCACCGa > 1:1532754/1‑150 (MQ=255) tcgTGAAGTTCTACAAGGCTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCt < 2:1119361/110‑1 (MQ=255) tGGTGAAGTTCTACAAGGCTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCt > 1:1119361/1‑112 (MQ=255) tGGTGAAGTTCTACAAGGCTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCt < 2:1118710/112‑1 (MQ=255) tGGTGAAGTTCTACAAGGCTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCt > 1:1118710/1‑112 (MQ=255) gTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTg > 2:1872059/1‑150 (MQ=255) tGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGa < 1:629332/150‑1 (MQ=255) gAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGCCCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATTTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCCACCTCACCGAACTGAt > 1:1859509/1‑150 (MQ=255) gAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGAt > 2:951515/1‑150 (MQ=255) aGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGAtct > 2:937430/1‑150 (MQ=255) ttCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGATCTcg > 1:1660964/1‑150 (MQ=255) tACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATc > 1:607981/1‑93 (MQ=255) tACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATc < 2:607981/93‑1 (MQ=255) tACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATc < 1:1170711/124‑1 (MQ=255) tACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATc > 2:1170711/1‑124 (MQ=255) tACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAAc < 1:1865937/129‑1 (MQ=255) tACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAAc > 2:1865937/1‑129 (MQ=255) tACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGATCTcgcgc > 1:43812/1‑150 (MQ=255) aCAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGATCTcgcgcg > 2:434288/1‑150 (MQ=255) tgataCTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGATCTCGCGCgg > 1:1809417/5‑150 (MQ=255) acaCTGCCATGGGCGCCGGCATCAACCCGTTCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCCTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGATCTcgcgcacga < 1:366971/148‑5 (MQ=255) | TCACCTGCGCGTCCACTCCGAATTCTCGCTGGTCGACGGCCTGGTGCGGATCAAACCGCTGGCCAAGGCGCTGACCGGGATGAACATGCCGGCGGTCGCGATCACCGATCAGAGCAACATGTGCTCGCTGGTGAAGTTCTACAAGACTGCCATGGGCGCCGGCATCAAACCGATCTGCGGTGCCGACCTGTGGCTGGCCGGTGCCGACCCGGAAGCCCCGCTGTCGCGCATCTGCTTCCTGGCCATGGACCCCAAGGGCTATCGCAACCTCACCGAACTGATCTCGCGCGGCT > NC_002947/1800076‑1800368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |