| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,818,526 | A→G | 5.1% | Y209C (TAC→TGC) | PP_1622 → | M23B subfamily metallopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,818,526 | 0 | A | G | 5.1% | 289.8 / 3.7 | 98 | Y209C (TAC→TGC) | PP_1622 | M23B subfamily metallopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/50); new base G (2/3); total (45/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
GTTTGAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTC > NC_002947/1818379‑1818674 | gTTTGAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACg > 1:11682/1‑150 (MQ=255) tttGAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACgg > 1:819789/1‑150 (MQ=255) gAATAAAGGCATTGATATCGCCTGTGATTTGAGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGAGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGCCGAGCTGATCATCATCAAGCAAAGCTACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCa < 1:1483241/150‑1 (MQ=255) gAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCTGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCa > 2:629757/1‑150 (MQ=255) gAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTAAGTCCGTGCATCCGGTcc > 2:1047720/1‑149 (MQ=255) aTAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATa < 1:1895514/150‑1 (MQ=255) gCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCa > 2:340639/1‑150 (MQ=255) aTTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGTTATGACCGTAgg < 2:1652331/150‑1 (MQ=255) 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tCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAAcc < 2:237267/139‑1 (MQ=255) tCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAAcc > 1:237267/1‑139 (MQ=255) tCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCAc > 1:487152/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCTACGGTCATGACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGTCAAACCCGTCGATCCAc < 2:645351/150‑1 (MQ=255) gTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAggcag > 2:622642/1‑57 (MQ=255) gTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAggcag < 1:622642/57‑1 (MQ=255) tGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCTATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCa < 2:1844684/150‑1 (MQ=255) tGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCga > 1:412278/1‑114 (MQ=255) tGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCga < 2:412278/114‑1 (MQ=255) cTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGCGCACAGATCGGGTGAAGCTACATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGtt > 2:124428/1‑150 (MQ=255) tACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTg < 1:449588/64‑1 (MQ=255) tACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTg > 2:449588/1‑64 (MQ=255) tACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGGCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTc > 1:516911/1‑150 (MQ=255) | GTTTGAATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTC > NC_002947/1818379‑1818674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |