Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,818,534 | A→G | 5.7% | N212D (AAC→GAC) | PP_1622 → | M23B subfamily metallopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,818,534 | 0 | A | G | 5.7% | 289.4 / 4.0 | 95 | N212D (AAC→GAC) | PP_1622 | M23B subfamily metallopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/49); new base G (2/4); total (42/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTCCTGC > NC_002947/1818385‑1818678 | aTAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATa < 1:1895514/150‑1 (MQ=255) gCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCa > 2:340639/1‑150 (MQ=255) aTTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGTTATGACCGTAgg < 2:1652331/150‑1 (MQ=255) ttGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGc < 2:1183536/150‑1 (MQ=255) atatCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGt > 2:232935/1‑150 (MQ=255) ccGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTc > 2:1583548/1‑150 (MQ=255) ccGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTc < 1:1224857/150‑1 (MQ=255) cGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCg > 1:147409/1‑150 (MQ=255) ggTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCgg < 2:487117/150‑1 (MQ=255) ggTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCgg < 1:1774363/150‑1 (MQ=255) gTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCggg < 1:1082850/150‑1 (MQ=255) tGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGa < 2:147409/150‑1 (MQ=255) tGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGa < 2:67790/150‑1 (MQ=255) 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gctgcGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAggcaggg < 1:1302022/150‑1 (MQ=255) tgcGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGTTATGACCgta > 1:369785/1‑108 (MQ=255) tgcGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTGCGGTTATGACCgta < 2:369785/110‑3 (MQ=255) tgcGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAggcagggca < 2:617588/150‑1 (MQ=255) cGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGt < 2:890626/150‑1 (MQ=255) gTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTc < 2:1725715/150‑1 (MQ=255) tCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCg > 1:1713618/1‑150 (MQ=255) tGATGGTGCGGTGGCTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCAAGGGCGAGCTGATCAAAGTGAATCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGAt > 2:1005905/1‑150 (MQ=255) gATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGAtt < 2:1292193/150‑1 (MQ=255) aTGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAggg > 1:1250665/1‑121 (MQ=255) aTGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAggg < 2:1250665/121‑1 (MQ=255) tGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGc < 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ttGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCgg > 2:179957/1‑150 (MQ=255) aGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTGGGGCGGGGAGTGCCGGT‑TATGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGtgtg > 1:697343/1‑150 (MQ=255) gCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAggg < 1:1300807/85‑1 (MQ=255) gCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAggg > 2:1300807/1‑85 (MQ=255) cTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCt > 2:92445/1‑150 (MQ=255) cTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCt > 1:907434/1‑150 (MQ=255) 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tCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAAcc > 1:237267/1‑139 (MQ=255) tCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAAcc < 2:237267/139‑1 (MQ=255) tCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCAc > 1:487152/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCCTACGGTCATGACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGTCAAACCCGTCGATCCAc < 2:645351/150‑1 (MQ=255) gTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAggcag < 1:622642/57‑1 (MQ=255) gTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAggcag > 2:622642/1‑57 (MQ=255) tGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCTATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCa < 2:1844684/150‑1 (MQ=255) tGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCga < 2:412278/114‑1 (MQ=255) tGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCga > 1:412278/1‑114 (MQ=255) cTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGCGCACAGATCGGGTGAAGCTACATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGtt > 2:124428/1‑150 (MQ=255) tACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTg > 2:449588/1‑64 (MQ=255) tACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTg < 1:449588/64‑1 (MQ=255) tACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGGCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTc > 1:516911/1‑150 (MQ=255) gTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTcgcc > 1:526558/1‑114 (MQ=255) gTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTcgcc < 2:526558/114‑1 (MQ=255) gTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTCCTGc < 1:179957/150‑1 (MQ=255) | ATAAAGGCATTGATATCGCCGGTGATTTGGGACAGCCTGTTTTTGCTGCGTCTGATGGTGCGGTGGTTTATGCCGGGAGTGGTTTGAGGGGCTACGGCGAGCTGATCATCATCAAGCACAGCGACACCTACGTCAGTGCCTACGGTCATAACCGCAGGCTGTTGGTTCGGGAGGGG‑CAGCAGGTCAAGGCAGGGCAGTCGATTGCTGAAATGGGGTCTACGGGCACAGATCGGGTGAAGCTGCATTTCGAGATTCGCCGCCAGGGCAAACCCGTCGATCCACTCCAGTTCCTGC > NC_002947/1818385‑1818678 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |