| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,930,582 | C→A | 6.3% | P396P (CCG→CCT) | apeB ← | M18 family aminopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,930,582 | 0 | C | A | 6.3% | 198.2 / 2.8 | 64 | P396P (CCG→CCT) | apeB | M18 family aminopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/20); new base A (2/2); total (42/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
CTGTTCGAGGCGTCGAACCGCCGCGAACAGGCCGCGCCTGCTTACATCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGGAAGAACCCGGC > NC_002947/1930434‑1930725 | cTGTTCGAGGCGTCGAACCGCCGCGAACAGGCCGCGCCTGCTTACATCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCg > 2:1143873/1‑150 (MQ=255)cTGTTCGAGGCGTCGAACCGCCGCGAACAGGCCGCGCCTGCTTACATCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCg > 2:1143868/1‑150 (MQ=255) tGTTCGAGGCGTCGAACCGCCGCGAACAGGCCGCGCCTGCTTACATCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCgg > 1:546253/1‑150 (MQ=255) 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agcAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGa > 2:863307/3‑150 (MQ=255) aTCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGa > 1:10632/1‑150 (MQ=255) aTCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGa > 2:1686225/1‑150 (MQ=255) tCACGGCAGCACGAGGCTACGGTAGAACGCGGGCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGAt > 2:1553127/1‑150 (MQ=255) tCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGAt > 2:1166161/1‑150 (MQ=255) tCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGAt > 1:745023/1‑150 (MQ=255) aGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAAc > 2:358731/1‑107 (MQ=255) aGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAAc < 1:358731/107‑1 (MQ=255) tCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATg > 1:1902383/1‑150 (MQ=255) ggCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGGCCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGtgc > 2:659988/1‑148 (MQ=255) tACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGc < 1:1166161/150‑1 (MQ=255) 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ccAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCa > 1:1778562/1‑150 (MQ=255) aGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCAcc < 2:546253/150‑1 (MQ=255) aGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTAGGCAAACCGATATCAACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATgg < 1:776298/106‑1 (MQ=255) aGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTAGGCAAACCGATATCAACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATgg > 2:776298/1‑106 (MQ=255) aGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTAGGCAAACCGATATCAACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATgg < 1:1748240/106‑1 (MQ=255) aGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTAGGCAAACCGATATCAACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATgg > 2:1748240/1‑106 (MQ=255) 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(MQ=255) acctGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCGGATCAATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGt < 1:863307/147‑1 (MQ=255) ggAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCg < 1:12529/150‑1 (MQ=255) gTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGgaa < 1:25407/150‑1 (MQ=255) gTGCAAGGCAAGGGCCGTCAAGCCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGCAAGATCGTAAAGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGgaa < 1:1553127/150‑1 (MQ=255) aTGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGGAAGAAc > 2:1728943/1‑150 (MQ=255) ggCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGGAAGAAccc < 1:1728943/150‑1 (MQ=255) aaaGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGGAAGAACCCGGc > 2:767885/1‑150 (MQ=255) aaaGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGGAAGAACCCGGc > 1:332231/1‑150 (MQ=255) aaaGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGGAAGAACCCGGc > 1:1043241/1‑150 (MQ=255) | CTGTTCGAGGCGTCGAACCGCCGCGAACAGGCCGCGCCTGCTTACATCAAGGCAGCTCGCGGCTACGGTAGAACGCGGTCAGTACCTTCACCAGGTGCGCCAGGTCATGGCTGCCACACAGCTCGCGAATGGAGTGCATGGCAAAGGTCGGCAAACCGATATCCACCGTGCGCACACCCAGGTGGCTGGCGGTGATCGGCCCGATGGTCGAGCCACAGCCCATGTCGCTGCGCACCACAAAGCTCTGCACCGGTACTTCCTCGGCCATGCACAAGTGGCGGAAGAACCCGGC > NC_002947/1930434‑1930725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |