| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,416,597 | 0 | A | T | 5.3% | 351.4 / 7.6 | 112 | intergenic (+87/+28) | pdxB/PP_2118 | erythronate‑4‑phosphate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/47); new base T (3/3); total (62/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGCACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCG > NC_002947/2416448‑2416746 | ttGCACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGTGATGGTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGTCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCa > 1:1789910/1‑150 (MQ=255) cACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTTTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAgc < 2:265471/150‑1 (MQ=255) ggggAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCTTGCGcc > 1:1855318/1‑150 (MQ=255) 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1:795477/150‑1 (MQ=255) tggctggGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGc > 1:1294842/1‑150 (MQ=255) gctggGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGt > 2:1321594/1‑150 (MQ=255) gctggGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGt < 2:658273/150‑1 (MQ=255) gctggGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGt < 2:703767/150‑1 (MQ=255) tggGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCg > 2:649007/1‑150 (MQ=255) 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aaaaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCctgct < 2:1668156/97‑1 (MQ=255) aaaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCgatga < 1:1661398/144‑1 (MQ=255) aaaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCgatga > 2:1661398/1‑144 (MQ=255) aaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCt > 2:1465059/1‑103 (MQ=255) aaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCg > 1:54632/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCAt > 2:2198/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCAt > 2:780369/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACACGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGCGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTCGCCGTCGATGATCGAACCGCac > 2:701866/1‑149 (MQ=255) ccGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGACGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCAt > 2:71464/1‑150 (MQ=255) cAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGc < 1:1783338/150‑1 (MQ=255) aaGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCg < 1:273307/150‑1 (MQ=255) | TTGCACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCG > NC_002947/2416448‑2416746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |