| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,471,564 | C→T | 5.9% | G362G (GGC→GGT) | PP_2165 → | two‑component system response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,471,564 | 0 | C | T | 5.9% | 202.7 / 2.5 | 68 | G362G (GGC→GGT) | PP_2165 | two‑component system response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/31); new base T (2/2); total (35/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 | |||||||||||
GATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTACCTTCGTACTGAAATTC > NC_002947/2471415‑2471713 | gATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGc > 1:267496/1‑150 (MQ=255)gATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGc > 2:684195/1‑150 (MQ=255) ggCCACCCACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAGGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCt < 1:1734578/150‑1 (MQ=255) gCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTg > 2:1347752/1‑150 (MQ=255) cACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGa > 2:917380/1‑150 (MQ=255) ccAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCACCTCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCt < 1:1452106/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCaa < 1:917380/150‑1 (MQ=255) gtggtggAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGa > 1:1728357/1‑150 (MQ=255) gtggtggAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGa < 2:420134/150‑1 (MQ=255) gggAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTg < 2:226311/149‑1 (MQ=255) gAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGa > 1:226529/1‑150 (MQ=255) aGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGAt < 1:1308443/150‑1 (MQ=255) gatctccccGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGATCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGAtt < 1:1646588/145‑1 (MQ=255) gCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCCTTCAGCTACACCGACCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGAtt < 2:1484225/150‑1 (MQ=255) ccccGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTa > 1:1342175/1‑150 (MQ=255) ccccGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTa > 2:1728080/1‑150 (MQ=255) cccGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCCAGGCCGCAGGTAGCAACGTGACTTGGCTGCGTCAACGATTTTGATTgagatc > 2:1646588/1‑145 (MQ=255) cGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGc > 1:338592/1‑150 (MQ=255) 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gTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGatat > 1:503646/1‑150 (MQ=255) tCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATc < 2:226529/150‑1 (MQ=255) ccGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCg < 2:144611/150‑1 (MQ=255) aTTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTg < 1:1728080/150‑1 (MQ=255) ttCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTgg < 2:1728357/150‑1 (MQ=255) ttCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTgg < 1:1347752/150‑1 (MQ=255) cTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTg > 2:615597/1‑147 (MQ=255) cTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTg < 1:615597/147‑1 (MQ=255) tGGACCTTTTGCGGTTAAATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGgtgt > 2:1019394/1‑150 (MQ=255) tGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGCAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGgtgt < 2:1001663/150‑1 (MQ=255) cTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGc > 1:1599541/1‑150 (MQ=255) ttttGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCa > 1:999700/1‑150 (MQ=255) tttGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAg < 2:1871621/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAgg > 2:325426/1‑150 (MQ=255) ttGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAgg < 1:942829/150‑1 (MQ=255) ccGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATgg < 2:937018/74‑1 (MQ=255) ccGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATgg > 1:937018/1‑74 (MQ=255) gggTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGTAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGgat > 1:160261/1‑118 (MQ=255) gggTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGTAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGgat > 1:160401/1‑118 (MQ=255) gggTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGTAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGgat < 2:160401/118‑1 (MQ=255) gggTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGTAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGgat < 2:160261/118‑1 (MQ=255) ggTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCtt < 1:83185/150‑1 (MQ=255) 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ttCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATAACGCCCTAATGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTa > 1:1006423/2‑150 (MQ=255) aaaGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTggg > 2:1420977/1‑93 (MQ=255) aaaGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTggg < 1:1420977/93‑1 (MQ=255) aaaGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTAc > 1:1914778/1‑148 (MQ=255) aaaGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTAc < 2:1914778/148‑1 (MQ=255) agaagCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAAtt > 1:1304399/1‑150 (MQ=255) agaagCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGCCTATGCTTGGGGAGATGCCCGACGAAATCGCCCGATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAAtt > 1:1069495/1‑150 (MQ=255) aagCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCCGGAACCTTCAATGCGTACCGGTAGAATTCa < 2:503646/150‑1 (MQ=255) cgccTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTc < 2:1342175/150‑1 (MQ=255) cGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCa < 2:1303003/108‑1 (MQ=255) cGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCa > 1:1303003/1‑108 (MQ=255) ggAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCag > 1:540182/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTa > 2:1671363/1‑150 (MQ=255) tCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTAc > 1:1194025/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTACCt > 1:986130/1‑150 (MQ=255) gcagGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTACCTTCGTAc < 2:924591/150‑1 (MQ=255) gTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGCCATGCCGGAGGATATCGCCCTATTGGTGGTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTACCTTCGTACTGaa > 1:808834/1‑150 (MQ=255) gTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTACCTTCGTACTGaa > 1:609447/1‑150 (MQ=255) tGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAg > 1:1584955/1‑101 (MQ=255) tGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAg < 2:1584955/101‑1 (MQ=255) cAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTACCTTCGTACTGAAATTc < 1:438750/150‑1 (MQ=255) | GATGAGGCCACCTACCAGGACCTGGTGGTGGAGCTACCCCCGCAGTTCAGCCTCAGCCTGATGTCCGATGGCATTCTGGACCTTTTGCCGGGTGATACGCTCAAAGATAAAGAAGCCGCCTTGCCGGAGATCGTCAAGGCAGCAGGTGGCAGTCTGGATGGGCTGCGTCAACGATTTGGATTGGCTACGCTTGGGGAGATGCCGGATGATATCGCCCTATTGGTGTTGAGCAGGAACCTTCAATGAGTACCGGTAGAATTCAGTTCGCCGAGCAGAGCGGTACCTTCGTACTGAAATTC > NC_002947/2471415‑2471713 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |