Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,508,880 | C→T | 6.8% | R93H (CGC→CAC) | PP_2203 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,508,880 | 0 | C | T | 6.8% | 274.0 / 5.7 | 97 | R93H (CGC→CAC) | PP_2203 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/48); new base T (4/3); total (46/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGTAGTTGGCGACCACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTC > NC_002947/2508731‑2509028 | agtagtTGGCGACCACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGgc > 1:1071099/1‑150 (MQ=255) gtagtTGGCGACCACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGgcg > 1:1188811/1‑150 (MQ=255) ttGGCGACCACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCAcc > 2:785218/1‑150 (MQ=255) tGGCGACCACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCt < 1:401207/150‑1 (MQ=255) gACCACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTc > 2:1099652/1‑150 (MQ=255) ggctcGGGGTCCTTGCCATCATGGGACACACAGTTGCGCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTcg < 2:1260971/146‑1 (MQ=255) aCCACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTcg > 1:835892/1‑150 (MQ=255) cACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTcggc > 2:1443811/1‑150 (MQ=255) cACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTcggc > 2:265655/1‑150 (MQ=255) tCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACg > 2:432640/1‑150 (MQ=255) tCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACg > 1:1387737/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGt < 1:1099652/150‑1 (MQ=255) cTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTg < 1:165602/150‑1 (MQ=255) cTGGCAATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCGCGTg > 1:777477/1‑150 (MQ=255) tGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTgg > 1:1027039/1‑150 (MQ=255) ccATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCt < 2:835892/150‑1 (MQ=255) aTCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTc > 1:813400/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTcgac > 1:1106075/1‑150 (MQ=255) 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cTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCAc > 2:1768786/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCAc > 1:1360168/1‑150 (MQ=255) ggCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGgt < 2:1082606/150‑1 (MQ=255) gCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGgtg > 1:585901/1‑150 (MQ=255) cATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGgtgt < 2:585901/150‑1 (MQ=255) aTCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCCGAGCAGGTGCGCCTGCtgg < 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gtgGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCacga < 1:1073557/150‑1 (MQ=255) cACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTAGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCaa < 2:1071099/150‑1 (MQ=255) aCCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAg > 2:337168/1‑150 (MQ=255) aCCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAg > 1:1094147/1‑150 (MQ=255) ccATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGGCATTACGCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGc > 1:1059554/1‑150 (MQ=255) 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cTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGgc < 1:52382/106‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGgc > 2:52382/1‑106 (MQ=255) cTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGAc < 1:337168/150‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGAAAATCCCGGTGTGGCAAGACGCCAGGAGTCGACAGATCGGAAGGCGTGACTTGTCGGCGCTTATGTTTGGCTCGAc > 1:888593/1‑150 (MQ=255) gTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTg > 2:607615/1‑98 (MQ=255) gTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTg < 1:607615/98‑1 (MQ=255) tCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCg > 2:815087/1‑150 (MQ=255) cGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACg < 2:444351/150‑1 (MQ=255) cGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCCGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGTCGGCGCTCATGTTTGGCCCGACGTGGTCGTTGACg < 2:1019395/150‑1 (MQ=255) tttGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGt > 1:1766354/1‑150 (MQ=255) ggccgagcagGTGCGCCTGCTGGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGtt < 1:1290523/100‑1 (MQ=255) ggccgagcagGTGCGCCTGCTGGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGtt > 2:1290523/6‑105 (MQ=255) gccgagcagGTGCGCCTGCT‑GGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTgg < 1:1505635/121‑1 (MQ=255) gccgagcagGTGCGCCTGCT‑GGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTgg > 2:1505635/5‑125 (MQ=255) gccgagcagGTGCGCCTGCT‑GGCCGGCACGGGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGGACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTaaaa > 1:816182/5‑150 (MQ=255) gCC‑AGCGGGCCCACCTGCTCGGCCGGGACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTaaaa < 2:303282/150‑1 (MQ=255) gCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGTCTTCGACGAACTTCCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTaaaa < 1:1366150/150‑1 (MQ=255) cc‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAAc > 1:715262/1‑150 (MQ=255) c‑agcagGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGcgtggcgccacgccttgcgtcgtgccacaccggg < 2:491917‑M1/96‑35 (MQ=255) c‑agcagGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGcgtggcgccacgccttgcgtcgtgccacaccggg > 1:491917‑M1/1‑62 (MQ=255) c‑agcagGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAAcc > 1:883858/1‑150 (MQ=255) agcggGCGCACCTGGTGGGCCGGCACGGGGCCTTCGACCAACTTGCGGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCa < 2:777477/150‑1 (MQ=255) gcagGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCAt > 2:1628862/1‑150 (MQ=255) cagGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCAtt < 1:1813121/150‑1 (MQ=255) gcgcACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCGCGCCGAGGCGTTGATTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAGCCATTGTc > 2:1036401/1‑150 (MQ=255) gcgcACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTc < 1:1115893/150‑1 (MQ=255) | AGTAGTTGGCGACCACGGTGTCCTGGCCATCCTGGGTCACCCCGATGACCTGGTAGGCATCCTTGTGGTCACCCATCTCCATGCCGGGCGAGCCCATGGGCATGCCCGGCACCGCCAGGCCCTTGAGGTCGTTGCGTTTGGCC‑AGCAGGCGCACCTGCTCGGCCGGCACGTGGCCTTCGACGAACTTGCCGCCGATCACCCCGGTGTGGCACGACGCAAGGCGTGGCGCCACGCCGAGGCGTTGCTTGACGGCGCTCATGTTTGGCTCGACGTGGTCGTTGACGGTAAAACCATTGTC > NC_002947/2508731‑2509028 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |