Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,511,718 | G→A | 7.1% | T19M (ACG→ATG) ‡ | copA‑I ← | copper resistance protein A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,511,718 | 0 | G | A | 7.1% | 244.6 / 6.6 | 84 | T19M (ACG→ATG) ‡ | copA‑I | copper resistance protein A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/40); new base A (2/4); total (40/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
ACGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTCGCTGCCGCCTGCTGTCAGGTAGCTGAGGTGCACATTACAGTGTTGTCAGCTTGCTGCTTC > NC_002947/2511583‑2511866 | aCGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGccc > 1:478039/1‑150 (MQ=255) cGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCa < 1:481307/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCACGCTggcgggcctgg < 1:289434/150‑7 (MQ=255) cGGTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCACGCTggcgggcctgg < 1:1749296/150‑7 (MQ=255) ggTCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAg < 1:1353580/150‑1 (MQ=255) tCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGCGCCGCCAGCACGCTggcgggc < 2:1068654/144‑3 (MQ=255) tCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGc < 2:1460718/150‑1 (MQ=255) tCAGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCAAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGCGCCGCCAGCACGCTggcgggc > 1:1068654/1‑142 (MQ=255) aGTGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCt > 2:1346638/1‑150 (MQ=255) tGCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCAGGCCAGGCGTTGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCttt < 1:1670193/150‑1 (MQ=255) ggCGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGAGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCttt < 2:371093/149‑1 (MQ=255) cGGTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGa < 1:523465/150‑1 (MQ=255) gTACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACa > 1:1799693/1‑150 (MQ=255) tACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACaa < 2:1799693/150‑1 (MQ=255) tACGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACaa > 2:1181906/1‑150 (MQ=255) aCGCGGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACaaa < 2:602919/150‑1 (MQ=255) cgcgGTCGGCCTGTGATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAAc < 1:1544295/150‑1 (MQ=255) tgtgATGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGGCTTTGACTAACTGAcggcgtgg > 2:1361586/1‑147 (MQ=255) aTGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAgggg < 1:1346638/150‑1 (MQ=255) tGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGt > 1:1694266/1‑150 (MQ=255) tGTTGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCGCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGGCCCAGGC‑CCGCCAGGGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGt < 2:1224032/150‑1 (MQ=255) ttGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGtt < 1:1902022/149‑1 (MQ=255) ttGACCGGAGTCTGGCCAATGAACAGCTCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGtt > 2:1902022/1‑149 (MQ=255) 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tCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGaa < 2:1361509/150‑1 (MQ=255) tCGAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGaa > 1:293218/1‑150 (MQ=255) gAAATGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATa > 1:163424/1‑150 (MQ=255) aaaTGCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAg > 1:1807102/1‑150 (MQ=255) gCTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCAc < 2:1714111/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGGCCAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGTGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACg > 1:930506/1‑150 (MQ=255) ggccggccAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCAGAATAGCCACGAt < 2:1694266/150‑1 (MQ=255) gccggccAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATg > 2:257075/1‑121 (MQ=255) gccggccAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATg < 1:257075/121‑1 (MQ=255) ggccAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTc < 1:206394/150‑1 (MQ=255) ggccAGGTCTCGGCCTTCAGCGGCCTGGACCAGCGGGCGCCACAGACCCAGGC‑CCGCCAGCGTGCTGGCGGCGCCCAGGCCTTTGACAAACGTACGGCGGGAGGGGTTGCGCAACATGGCGAGGCCTCATGCGGAATAGCCACGATGTTc > 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |