| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,772,323 | G→A | 5.9% | P179L (CCG→CTG) | PP_2425 ← | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,772,323 | 0 | G | A | 5.9% | 295.1 / 5.7 | 101 | P179L (CCG→CTG) | PP_2425 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/52); new base A (3/3); total (46/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGG > NC_002947/2772174‑2772469 | ggAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCg < 1:1067732/150‑1 (MQ=255)ggAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCg < 2:240929/150‑1 (MQ=255) gaatttCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCgg < 2:1150555/145‑1 (MQ=255) gAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCgg < 2:1512905/150‑1 (MQ=255) ggTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGTGGGcc > 2:1471997/1‑150 (MQ=255) gTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCcg < 2:667379/150‑1 (MQ=255) aaCGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCCGCAGGCcggtgtg < 1:1356968/150‑6 (MQ=255) tCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCgg > 1:664477/1‑150 (MQ=255) tCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCgg > 2:53719/1‑150 (MQ=255) cATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGt < 1:1064442/150‑1 (MQ=255) aTGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCTGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGta > 1:479930/1‑150 (MQ=255) gcactggccGCGCGGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCGCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCCATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGta > 2:64757/8‑150 (MQ=255) tGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGGAGTGCCCCTGTCGCTTCACCAGCGCCCGCAACACACCGGCCGGCGGGCCGCGCATCGCGGTATACa > 2:180557/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCt < 2:1060881/91‑1 (MQ=255) gcgcGGCCCGCAGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGt < 1:1168074/131‑1 (MQ=255) gcgcGGCCCGCAGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGt > 2:1168074/4‑134 (MQ=255) cacCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGCGGTCATCg > 2:656506/1‑150 (MQ=255) acCGGCCTGCGGGCCGCACAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGa > 2:1113909/1‑150 (MQ=255) gcGGCCCGCAGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGAt > 2:1302441/2‑150 (MQ=255) 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GGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGC‑GGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGG > NC_002947/2772174‑2772469 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |