Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,779,159 | T→G | 5.5% | E81A (GAA→GCA) | PP_2431 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,779,159 | 0 | T | G | 5.5% | 226.2 / 3.9 | 82 | E81A (GAA→GCA) | PP_2431 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/39); new base G (2/3); total (40/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 |
CTGGTCGGACAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAACAGGCGTACATCCAGGTCGCGTTCCAGGCGTTTGATTGCGGCCGCCACCTGG > NC_002947/2779011‑2779308 | cTGGTCGGACAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTc < 2:29852/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGACAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCa > 2:1787643/1‑150 (MQ=255) ctaacGGACAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGGTGCCATGCAGATCTTCa > 1:1500321/5‑150 (MQ=255) gTCGGACAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATg > 1:1463326/1‑150 (MQ=255) tCGGACAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATgg > 1:1885669/1‑150 (MQ=255) ggACAGATAGAAGCGCAGATGCAACGCCGGGTGGTGGGGGCGGAAGGGGCTGAGCCAGGGCAGAAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGCGGCTGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTAGTGGGGTTGGCATGCAGATCTTCATGGcc < 2:369180/150‑1 (MQ=255) gACAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGccc > 2:1362294/1‑150 (MQ=255) aCAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCt < 1:1275764/150‑1 (MQ=255) cAGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTg < 1:1912210/150‑1 (MQ=255) aGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTgg < 2:1885669/150‑1 (MQ=255) aGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTgg > 2:1319680/1‑150 (MQ=255) aGGAAGAAGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCCATGGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTgg > 1:8794/1‑150 (MQ=255) gaagaaGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGCAGGAGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCACGCAGATCTTCATGGCCCTGgcg > 2:786393/1‑150 (MQ=255) gaagaaGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGgcg > 2:597785/1‑150 (MQ=255) gaagaaGCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGgcg > 2:1760573/1‑150 (MQ=255) gaagCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGCAGGGGCCGCTACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTCGGGTTGCCATGCAGATATTCATGGCCCTGGCGCAg > 2:524640/1‑150 (MQ=255) gaagCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCCGGGTGCTGTGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAg < 1:1787643/150‑1 (MQ=255) gaagCGCAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGAAGCAGCAGGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTACAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCNCAg < 2:1203738/150‑1 (MQ=255) gcgcAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCt < 1:1319680/150‑1 (MQ=255) cgcAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCtt > 1:346191/1‑150 (MQ=255) gcAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCttt < 1:562172/150‑1 (MQ=255) cAGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTc < 1:1760573/150‑1 (MQ=255) aGTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGccgaat < 2:28609/150‑6 (MQ=255) gTTGCAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCa < 1:956879/150‑1 (MQ=255) cAATGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCAGGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCAGGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGcac > 2:670586/1‑150 (MQ=255) aaTGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGcaca > 2:1615103/1‑150 (MQ=255) tGCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACAtt > 1:1427284/1‑150 (MQ=255) gCCGGGTGGTCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTc < 1:1362294/150‑1 (MQ=255) gtggtCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAgcgc < 2:1427284/150‑1 (MQ=255) gtggtCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAgcgc > 2:1216111/1‑150 (MQ=255) ggtCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCgg < 2:1463326/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGtt < 1:484798/150‑1 (MQ=255) tCGCGGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGtt > 2:1667274/1‑150 (MQ=255) cgcgGCGGAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTg < 1:1188826/150‑1 (MQ=255) ggcggAAGGCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCAATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCa > 1:212999/1‑150 (MQ=255) ggCGCTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAgcg < 2:750462/150‑1 (MQ=255) cgcTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCAATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCt < 2:212999/150‑1 (MQ=255) cTGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCg > 2:1674301/1‑150 (MQ=255) tGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTTCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGc > 1:438208/1‑137 (MQ=255) tGAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGc < 2:438208/137‑1 (MQ=255) gAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGcc < 1:736563/150‑1 (MQ=255) gAGCCAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGcc < 2:1157963/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTc > 2:224560/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTc > 2:1558293/1‑150 (MQ=255) cAGGGCAGCAGCATGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTcg > 1:1766255/1‑150 (MQ=255) cagcagcaTGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCGTGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGt < 2:1309586/150‑1 (MQ=255) cagcaTGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAg > 1:1567074/1‑150 (MQ=255) caTGTTGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGgcg < 1:1891959/150‑1 (MQ=255) ttGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAgg > 2:1649907/1‑150 (MQ=255) ttGCGGCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAgg < 1:275895/150‑1 (MQ=255) gCCCATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCg > 2:716010/1‑150 (MQ=255) ccATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCggg < 2:434319/150‑1 (MQ=255) cATGTCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCATGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTTGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGggt > 1:537109/1‑150 (MQ=255) tCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGgtggtg > 1:1852322/1‑150 (MQ=255) tCGGAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGgtggtg > 2:1899388/1‑150 (MQ=255) gAAGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCgg < 2:131642/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCggg < 1:1272242/150‑1 (MQ=255) ggggCCGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCg > 2:887492/1‑150 (MQ=255) ccGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAACa > 1:1001941/1‑150 (MQ=255) ccGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAACa < 1:887492/150‑1 (MQ=255) ccGATACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTAGTGGGGTTGGCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAAcc > 2:216/1‑149 (MQ=255) aTACCTGCAGGGTGCCGCGCATGCTATTGGGGTTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAACAGGc < 2:537109/150‑1 (MQ=255) aTACCTGCAGGGTGCCGCGCAGGCTCTTGGGGGTGCCATGCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAACNGGc < 2:1185930/150‑1 (MQ=255) 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> 2:1208029/1‑150 (MQ=255) gCAGATCTTCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAACAGGCGTACATCCAGGTCGCGTTCCAGGCGTTTGATTGCGgccg < 1:259693/150‑1 (MQ=255) ttCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAACAGGCGTACATCCAGGTCGCGTTCCAGGCGTTTGATTGCGGCCGCCACCTg > 1:1566700/1‑150 (MQ=255) ttCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCAGGCGCAGGCTGCGGGTGGTGCGGGCGAACAGGCGTACATCCAGGTCGCGTTCCAGGCGTTTGATTGCGGCCGCCACCTg < 1:786393/150‑1 (MQ=255) tCATGGCCCTGGCGCAGGCTTTCCAGCACATTCAGCGCGGTTGGCAGGTAGCGCTCGCCCTCGGCGGTCCGACGCGTTCTGCGGGTGGTGCTTCCTAACAGGCGTACATCCAGGTCGCGTTCCAGGCGTTTGATTGCGGCCGCCACCTgg < 1:1177480/150‑1 (MQ=255) | 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |