| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,030,407 | C→G | 9.5% | intergenic (+364/‑330) | pcaY → / → mgtA | aromatic acid chemoreceptor/ATP‑dependent magnesium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,030,407 | 0 | C | G | 9.5% | 288.7 / 17.0 | 95 | intergenic (+364/‑330) | pcaY/mgtA | aromatic acid chemoreceptor/ATP‑dependent magnesium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/41); new base G (4/5); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
CGACACCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTACTCGAACTTT > NC_002947/3030258‑3030556 | cGACACCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCcgc < 2:32063/150‑1 (MQ=255) acCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCCCTTTTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCt < 1:1482112/150‑1 (MQ=255) tGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTACAAAACATCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGcc > 1:34233/1‑150 (MQ=255) gTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCcgc < 1:1240975/150‑1 (MQ=255) gCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGt > 1:1029080/1‑150 (MQ=255) gCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGt > 1:1324855/1‑150 (MQ=255) aGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGCCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGGCCAGGCGCGGGCCT‑GCCgcggcgcaag < 2:482307/150‑5 (MQ=255) aGCCGCGCCAGAGCCCGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTCGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGACCCTCCCTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CGTTGCGCCGCCGC‑CAGGCGCGGGCCT‑CCCgcggcgcaag < 2:482229/150‑5 (MQ=255) ccGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCACCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCa > 1:1382186/1‑150 (MQ=255) cgcgCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCAc > 1:1121215/1‑150 (MQ=255) agCCTGCTGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTTATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCt > 2:1755780/1‑150 (MQ=255) tGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑GCTTGCGTGG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGac > 1:592139/1‑150 (MQ=255) tGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGac < 1:624735/150‑1 (MQ=255) gATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGacc > 2:1410931/1‑150 (MQ=255) ccccgccgTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGGCCAGGCGCGGGCCT‑GCCgcggc < 1:105932/123‑1 (MQ=255) ccccgccgTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGGCCAGGCGCGGGCCT‑GCCgcggc > 2:105932/3‑125 (MQ=255) cTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGGCCAGGCGCGGGCCT‑GCCgcggc < 1:1041622/125‑1 (MQ=255) cTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGGCCAGGCGCGGGCCT‑GCCgcggc > 2:1041622/1‑125 (MQ=255) cTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCACGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGaccacca < 1:262534/150‑1 (MQ=255) tCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTACGCCG‑CGGCCAGGCGCGGGCCT‑GCCgcggcgcaa > 1:489622/1‑125 (MQ=38) tCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTACGCCG‑CGGCCAGGCGCGGGCCT‑GCCgcggcgcaa < 2:489622/128‑4 (MQ=37) ccgccgTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGaccaccacc > 1:617855/1‑150 (MQ=255) gccgTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAAACTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAg > 1:612461/1‑150 (MQ=255) ccgTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCCTTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGc > 2:985923/1‑150 (MQ=255) tGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGa > 2:1131717/1‑136 (MQ=255) tGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGa < 1:1131717/136‑1 (MQ=255) cgccgGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAagtagt < 2:1382186/150‑1 (MQ=255) gccgGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGCAGtt < 1:168330/150‑1 (MQ=255) gccgGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCGGGTTGATCTTG‑GCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGtt < 1:1773063/150‑1 (MQ=255) cgGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCt < 1:1163101/94‑1 (MQ=255) cgGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCt > 2:1163101/1‑94 (MQ=255) ggTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTTATTCGTTTCACATCGCGAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCg < 1:1755780/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCTTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCg < 2:731340/150‑1 (MQ=255) tgtTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCggg < 2:1738956/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGc > 2:277777/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCgcgg < 2:571559/94‑1 (MQ=255) gCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCgcgg > 1:571559/1‑94 (MQ=255) gCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCAc > 2:1800959/1‑103 (MQ=255) gCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCAc < 1:1800959/103‑1 (MQ=255) gCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCt > 1:1480725/1‑150 (MQ=255) ccGNTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTg > 2:1196628/1‑150 (MQ=255) ggTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGaccacca < 2:1816632/117‑1 (MQ=255) ggTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGaccacca > 1:1816632/1‑117 (MQ=255) ttGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGgcgc < 2:815537/150‑1 (MQ=255) ttGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGgcgc < 2:1786929/150‑1 (MQ=255) tGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGcgcg < 2:1542050/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCtt > 1:1813865/1‑150 (MQ=255) aaGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACg < 1:586391/91‑1 (MQ=255) aaGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACg > 2:586391/1‑91 (MQ=255) aaGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCGCAACTACTTGGGGGGTGCTg < 1:1133724/138‑1 (MQ=255) aaGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCGCAACTACTTGGGGGGTGCTg > 2:1133724/1‑138 (MQ=255) aaGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCAt > 1:1530541/1‑150 (MQ=255) aaGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCAt > 2:1426750/1‑150 (MQ=255) aaGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCAt < 1:339080/150‑1 (MQ=255) cTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCa > 1:277563/1‑150 (MQ=255) tCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCAc < 2:1530541/150‑1 (MQ=255) tCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCAc > 1:893867/1‑150 (MQ=255) cATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACg > 1:675149/1‑150 (MQ=255) aCCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGa < 2:799100/150‑1 (MQ=255) 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tCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCAc > 1:1325209/1‑150 (MQ=255) acaTCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTg < 1:1253017/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGTACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGaa > 1:372882/1‑150 (MQ=255) aTCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTtc > 1:343645/1‑142 (MQ=255) aTCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTtc < 2:343645/142‑1 (MQ=255) aTCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTgga > 1:966928/1‑148 (MQ=255) tCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAAt < 1:1426750/150‑1 (MQ=255) ccAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATaaa > 2:1291788/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATaaaa < 1:402296/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATaaaa < 1:1291788/150‑1 (MQ=255) gCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCATAAACCAAGGATTTGCGTGGGGCTTGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATAtt > 1:1669406/1‑150 (MQ=255) gCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATAtt < 1:1521512/150‑1 (MQ=255) tG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGaa < 1:277777/150‑1 (MQ=255) tG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGaa < 1:821591/150‑1 (MQ=255) ccctGCGCCG‑TGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCaa < 2:1056153/71‑1 (MQ=255) ccTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCaa > 1:1056153/1‑74 (MQ=255) ccTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACg > 2:1583858/1‑150 (MQ=255) cTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGTGGTGCTGGCGCGTGTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACgg > 2:1038192/1‑150 (MQ=255) cgccg‑cGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATaaaa > 2:755416/1‑134 (MQ=255) cgccg‑cGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATaaaa < 1:755416/134‑1 (MQ=255) gcggccAGGCGCGGGCCT‑GCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTg > 2:372777/6‑150 (MQ=255) gg‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTa < 1:436561/150‑1 (MQ=255) g‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTAc < 2:34233/150‑1 (MQ=255) aGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTACTc < 1:1410931/150‑1 (MQ=255) cccGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATAtt < 1:1233862/128‑1 (MQ=255) cccGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATAtt > 2:1233862/1‑128 (MQ=255) cccGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTACTCGaa < 2:1480725/150‑1 (MQ=255) cgcCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTACTCGAACttt < 2:1813865/150‑1 (MQ=255) | CGACACCCTGGTCGGGCAAGCCGCGCCAGAGCCTGATGCTCCGCCGTGACTTGCCGCCGCCGGTGTTGGCCGGTTGGAGGCAAGCTCATGAACCTCACTTCATTCGTTTCACATCGCCAGCCTGCGTG‑CCTTGCGCCG‑CGG‑CAGGCCCGCGCCTGGCCGCGGCGTCTGCACGGCTACCTTGACCACCACCAGCACCCCCCAAGTAGTTGCGGGGTGCTGGCGCGTCTTCATGCACGCTTGAGCCCCCGCACTTCTCACTGAATAAAAGATATTGAACGGTATCTTTGTACTCGAACTTT > NC_002947/3030258‑3030556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |