Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 228,066 | G→A | 6.0% | G298S (GGC→AGC) | PP_0176 → | putative efflux transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 228,066 | 0 | G | A | 6.0% | 242.1 / 3.2 | 82 | G298S (GGC→AGC) | PP_0176 | putative efflux transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/32); new base A (2/3); total (47/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
CCTCGACGACGCACTGGTAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGCCCTCGACCAGCGCGCCGAGCTGCTGTTGTCCAACGCCCTGTACCGCCTGACCGAATGGGCCGACCTGTGGCAGGACTGCTGCACCCTGCAGCACGCCCTGCGTACCGATGATGCCAAGCCTTGG > NC_002947/227918‑228215 | ccTCGACGACGCACTGGTAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCgg > 1:1536949/1‑150 (MQ=255) cgcgacgaCGCACTGGTCGAGCTGGAAGGCCGCGCCCCGTCCGAGTTCGCCCATCTGCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCCACGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACGGGGACC‑CGTTGCACGAGCAGCTCGgc < 2:1647860/148‑1 (MQ=255) cTCGACGACGCACTGGTAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGgc < 2:1813846/150‑1 (MQ=255) tCGACGACGCACTGGTAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGgcc > 2:876717/1‑150 (MQ=255) gtaCTGGTAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAg < 2:922498/148‑1 (MQ=255) gCACTGGTAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGCGCAGATCGGCCGCCTGCAg > 1:1193404/1‑150 (MQ=255) gCACTGGTAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAg > 2:1243724/1‑150 (MQ=255) gCACTGGTAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAg > 2:1615298/1‑150 (MQ=255) tAGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTa > 1:713846/1‑150 (MQ=255) aGCCCTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTAc > 1:1401676/1‑150 (MQ=255) cccTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCAGTAGCGCACTGGGCCA‑CGCCTCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAg > 2:1400745/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAATGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGc > 1:1076268/1‑143 (MQ=255) cTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGc < 2:1076268/143‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCAGCCGCCTGCAGCCCGCTACAgcc > 1:911135/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCAGCCGCCTGCAGCCCGCTACAgcc > 1:1897859/1‑150 (MQ=255) tGGAAGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAgccg > 1:30233/1‑150 (MQ=255) aaGGCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGccc > 2:426601/1‑150 (MQ=255) tgCCGCGCCCCGGCCCAGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCTGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGCCCTc < 1:1790521/149‑1 (MQ=255) 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aGTTCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGCCCTCGACCAGCGCGCCGAgc < 2:713846/150‑1 (MQ=255) ttCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGCCCTCGAcc < 1:103933/136‑1 (MQ=255) ttCGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGCCCTCGAcc > 2:103933/1‑136 (MQ=255) cGCCCAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGCCCTCGACCAGCGCGCCGAgctgct < 1:1725926/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGCCCTCGACCAgc > 2:1763863/1‑134 (MQ=255) ccAGCTTCAACCCGTGCTGGAAGCCGCTCGTGAATGGCTCAAAGGCACCGCCGACAGCGCTTCGGTAGCGCACTGGGCCA‑CGTTGCACGAGCAGATCGGCCGCCTGCAGCCCGCTACAGCCGCCCTCGACCAgc < 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |