| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,183,372 | A→C | 7.3% | E330A (GAG→GCG) ‡ | PP_2793 → | acyl‑CoA dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,183,372 | 0 | A | C | 7.3% | 258.6 / 11.6 | 96 | E330A (GAG→GCG) ‡ | PP_2793 | acyl‑CoA dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/49); new base C (2/5); total (42/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.30e-01 | |||||||||||
ACCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGCCTGGCG > NC_002947/3183231‑3183520 | aCCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCTCGGCGCtga < 2:438792/150‑2 (MQ=255)aCCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCTCGGCGCtga < 1:1519075/150‑2 (MQ=255)aCCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCGGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGCCCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCTCGGCGCtga < 2:432378/150‑2 (MQ=255) ccAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCtgtg > 2:1213731/1‑150 (MQ=255) ggCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCgg < 2:238933/150‑1 (MQ=255) ggCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCgg < 2:1255225/150‑1 (MQ=255) gTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGggtg < 1:378269/150‑1 (MQ=255) tGGGTTGCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGggtgg < 2:1463653/150‑1 (MQ=255) gggTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGggtggt < 1:1793281/150‑1 (MQ=255) ttacATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGa > 1:1500660/4‑150 (MQ=255) cATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGAGGCGGGTGGTCGATCg > 2:972020/1‑150 (MQ=255) aTGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGt > 1:1050795/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGc < 1:129290/150‑1 (MQ=255) tGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCg > 1:1624047/1‑150 (MQ=255) gCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTc > 2:1636411/1‑150 (MQ=255) cGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCa < 1:1891433/150‑1 (MQ=255) gACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAg > 1:168327/1‑150 (MQ=255) gACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAg < 1:829754/150‑1 (MQ=255) 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atgGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGt < 1:1785521/150‑1 (MQ=255) tgGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTg < 2:1500660/150‑1 (MQ=255) ggACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTgg < 1:1636411/150‑1 (MQ=255) cTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCTCGGCGCtga < 2:1832478/109‑2 (MQ=255) cTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCTCGGCGCtga > 1:1832478/1‑108 (MQ=255) tGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGAcgcg > 1:661346/1‑150 (MQ=255) tGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGAcgcg > 2:1430008/1‑150 (MQ=255) gCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCgg < 2:970019/150‑1 (MQ=255) gCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCgg < 1:304025/150‑1 (MQ=255) cACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCggg < 1:1031653/150‑1 (MQ=255) cACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCggg < 2:475299/150‑1 (MQ=255) 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ggCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCg > 2:1903479/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGtt < 1:1628878/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTcc < 1:1903479/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGa > 2:1817059/1‑66 (MQ=255) gcgcgcCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGa < 1:1817059/66‑1 (MQ=255) gcgcCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCa < 2:661346/150‑1 (MQ=255) 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aGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGc < 2:1167233/150‑1 (MQ=255) gCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCg < 2:1422137/150‑1 (MQ=255) aTGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGaa < 2:1775470/150‑1 (MQ=255) ggCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGAACCAGCCAGGGCGGCGCGTACACCGTCGTGGATCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGt < 1:1177802/150‑1 (MQ=255) aaGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCAc > 2:1637164/1‑150 (MQ=255) gccacAGCGCCTCGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTAt > 1:1824382/5‑125 (MQ=255) gccacAGCGCCTCGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTAt < 2:1824382/121‑1 (MQ=255) gATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCTTAGTGCACCGCAt > 1:856686/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGc > 2:494957/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGc < 2:395781/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCCTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGc > 2:1178328/1‑150 (MQ=255) cgcCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGCCt < 2:630216/150‑1 (MQ=255) cGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGCCTGGc < 1:359372/150‑1 (MQ=255) cGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGCCTGGc > 1:389006/1‑150 (MQ=255) gAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGCCTGGCg < 2:389006/150‑1 (MQ=255) | ACCAGGGCGTGGGTTTCATGCTGGCCGACAACATGATGGACCTGCACGTGGTGCGTCTGGCGGTCTGGCACTGCGCCTGGGTGCTCGACCAGGGCCGGCGCGCCAATGTCGATTCGAGCATGGCCAAGGTGATCAGCGCCGAGGCGCTGTGGCGGGTGGTCGATCGTTGCGTCCAGGTATTGGGTGGACGCGGGGTGACCGGGGACACCGTGGTGGAGCGGATCTTCCGCGACATTCGCCCGTTCCGCATCTATGACGGCCCGAGCGAAGTGCACCGCATGAGCCTGGCG > NC_002947/3183231‑3183520 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |