| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,287,320 | G→A | 10.0% | intergenic (+18/+23) | PP_2889 → / ← xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,287,320 | 0 | G | A | 10.0% | 146.4 / 5.1 | 57 | intergenic (+18/+23) | PP_2889/xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/23); new base A (4/2); total (32/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAT > NC_002947/3287176‑3287465 | gCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCt > 1:294778/1‑150 (MQ=255) gCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGAGTGGGGCGCGGGCGCTGCGGACGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTgg > 1:1377895/1‑150 (MQ=255) gATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑Tc > 2:1131914/1‑150 (MQ=255) aTGNCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGCGCGAAAGGTATGGTGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCa > 2:1203989/1‑150 (MQ=255) aTGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCa > 2:858503/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCAc > 1:1372179/1‑150 (MQ=255) gggccgtcTGGGGGCGGGGTGTTGGTCGGTTGGGGTTTATAATTTGGCCTGGGTCGGGGCGGCGGACGTGGGGCGTGGGGGGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCAc < 1:1657283/143‑1 (MQ=255) ccAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCt > 1:1363064/1‑150 (MQ=255) aGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTCTCAATTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTaa > 1:912414/1‑150 (MQ=255) aGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTaa > 2:1561695/1‑150 (MQ=255) gcgggAGGCGCGGTGCTGGTGGCATGGGTGTTATAACTTTGCGTTGGGCGGCGGGGGGGACGGTGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAAt < 2:96064/147‑1 (MQ=255) gcgggggcCTTATAATTTGGCTTGGGGCGGGGGGGGGGAGGGTGGGGGTGGGGGGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATc < 2:1072267/146‑1 (MQ=255) aTGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCgg > 2:335394/1‑150 (MQ=255) cTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCttt > 1:1907903/1‑150 (MQ=255) gTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCCCGCTAATGCGGTCTCATCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCa > 2:1452427/1‑150 (MQ=255) ggcgcGGGGGAGGGTGGGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATcc < 2:1363064/149‑1 (MQ=255) gACGATGTGCGTGGGGCGGTGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCACATCGGCGCATTGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCt < 1:366762/150‑1 (MQ=255) gATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGCGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCAt > 2:1833831/1‑150 (MQ=255) gATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCAt > 2:1273325/1‑150 (MQ=255) ggggggggggggggggggAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCAc < 2:1372179/148‑1 (MQ=255) gTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCAc > 1:1194401/1‑150 (MQ=255) gggggggTGGGGGAGGCGTTGAGGTTCGGGTTGTAAGTGCGGCCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCg < 1:1561695/148‑1 (MQ=255) ggggAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGa > 2:532891/1‑150 (MQ=255) gggAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGAt < 2:294778/150‑1 (MQ=255) gggAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGAt > 2:602435/1‑150 (MQ=255) gggAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGAt > 2:1901510/1‑150 (MQ=255) gggAGGCGATGAAGTAGGGGTTGTAAGTGTGGGCCAACGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑ACAACCTAATAAGCTCCACTCAAGCCAGAACGGAGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCAGCACAGCTCCTAGTCCAAGCCCGCTGCCTTGAt > 2:857843/1‑150 (MQ=255) ggAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATg > 2:1147587/1‑150 (MQ=255) gCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTccagcc > 2:1597119/1‑78 (MQ=255) gCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTccagcc < 1:1597119/78‑1 (MQ=255) tggAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTATG‑ACAAAACCTTCGATTACACTTGTCAGCTCATCTCCAGCCAATGCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCa < 1:1869067/148‑1 (MQ=255) tGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCAc < 2:669144/150‑1 (MQ=255) gAGGTGGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCAcc < 2:1145785/150‑1 (MQ=255) cgatctggTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAg < 1:584619/144‑1 (MQ=255) gTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCGAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGAGCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGcgc > 2:949397/1‑124 (MQ=255) gTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGccc < 1:949397/126‑1 (MQ=255) gTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCAGCCTTGCTGCGCGGCACCGgcagatcg > 2:584619/1‑144 (MQ=255) tGTAAGTGTGGGCCCACGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa < 1:858503/150‑1 (MQ=255) tGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa < 2:1377895/150‑1 (MQ=255) tGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa < 1:335394/150‑1 (MQ=255) gTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAg < 2:1517203/150‑1 (MQ=255) aaGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGc > 1:902858/1‑150 (MQ=255) tgtgGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCAt > 2:1890059/1‑150 (MQ=255) ggCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATc > 2:1129710/1‑150 (MQ=255) ggCCAAAGGTGGGCACCTTGCGCTCC‑ACAACCTAACCAGCTCAACTCCAGCCAGTTCGGCGCATCGTCCCACTGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATc < 2:729335/150‑1 (MQ=255) gCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCATCTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAGCa < 1:1616119/150‑1 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTACAGCGCTCGTCTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAg < 2:912414/150‑1 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa < 2:1847751/138‑1 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa > 1:1847751/1‑138 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGgc < 1:422874/58‑1 (MQ=37) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGgc > 2:422874/1‑58 (MQ=38) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCTCCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAg > 1:1704112/1‑150 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAg > 2:1400302/1‑150 (MQ=255) ccAAGGTGCACACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAg < 1:1566073/96‑1 (MQ=255) ccAAGGTGCACACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAg > 2:1566073/1‑96 (MQ=255) aGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCg > 2:794020/1‑150 (MQ=255) gtggGCACCTTTGGCCCG‑TCACCCTAGTCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTACACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAt < 1:761980/150‑1 (MQ=255) | GCAGCGGGTCGATGGCCAGCTGGAGGCGCGGTACTGGTCGCATGGGGCTTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCG‑TCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGAT > NC_002947/3287176‑3287465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |