| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,425,093 | T→C | 7.3% | F43L (TTC→CTC) | PP_3040 → | holin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,425,093 | 0 | T | C | 7.3% | 158.5 / 2.5 | 55 | F43L (TTC→CTC) | PP_3040 | holin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/29); new base C (2/2); total (24/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
TTTTTGCCTTTGGGGGATTCGATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGATGTGGCCATAGGGTTG > NC_002947/3424946‑3425242 | tttttGCCTTTGGGGGATTCGATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTc < 1:1386300/150‑1 (MQ=255) ttGGGGGATTCGATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGtg > 2:422307/1‑150 (MQ=255) ttCGATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTc < 2:1449267/133‑1 (MQ=255) ttCGATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTc > 1:1449267/1‑133 (MQ=255) ttCGATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCCGATGCTG‑CTgcg > 2:1251874/1‑150 (MQ=255) tCGATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTgcgc < 1:1478190/150‑1 (MQ=255) gATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTc > 1:768269/1‑150 (MQ=255) gATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTc > 1:1654186/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTCTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTcc > 1:1275224/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTCCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTcc > 1:347001/1‑150 (MQ=255) gAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCgg > 1:833412/1‑150 (MQ=255) caAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTa < 2:1475034/150‑1 (MQ=255) caAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTAATATTTCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGTCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGTGCTCCGGTGCCTGCGTCGTa < 2:627508/150‑1 (MQ=255) gTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGTTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGATCGTATTCCTGCGTCGTATGCgg > 2:438425/1‑150 (MQ=255) ttAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCggg > 1:919553/1‑149 (MQ=255) ttAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGa < 2:932288/150‑1 (MQ=255) ttGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTCTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGt > 2:1456954/1‑150 (MQ=255) tGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGAGATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCTTTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACca < 2:581025/150‑1 (MQ=255) ccAATATGGTTGGTGTTGTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACcatc < 2:987290/150‑1 (MQ=255) cAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACcatca < 2:833412/150‑1 (MQ=255) ttggtGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGctgctg < 1:1692559/150‑1 (MQ=255) gATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTc > 1:1300831/1‑150 (MQ=255) ttCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGt > 2:549627/1‑124 (MQ=255) ttCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGt < 1:549627/124‑1 (MQ=255) ccTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCggg > 2:1178725/1‑150 (MQ=255) tCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTCGAAGAGTTCGATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGAATg > 1:1058566/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGtgctg < 1:1328707/81‑1 (MQ=255) cTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGtgctg > 2:1328707/1‑81 (MQ=255) cTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACcatca < 2:1828328/124‑1 (MQ=255) cTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACcatca > 1:1828328/1‑124 (MQ=255) ggTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGAt < 1:422307/150‑1 (MQ=255) tCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACGTGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CGGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCTTCCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGAtgt < 1:1188312/150‑1 (MQ=255) ggcggGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTCTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTgg < 2:1275224/150‑1 (MQ=255) ggcggGGTGTAGGGCGAGAGGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTgg < 2:347001/150‑1 (MQ=255) gCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCa > 1:218923/1‑150 (MQ=255) cGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCAt < 2:1231481/150‑1 (MQ=255) agaTGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGT‑CTGTGTGTGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTg < 1:1454820/150‑1 (MQ=255) ggCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTc > 1:1391315/1‑37 (MQ=255) ggCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTc < 2:1391315/37‑1 (MQ=255) aTGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTGCATGTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTcactgccact > 2:644712/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCg < 1:1134383/117‑1 (MQ=255) gCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCg > 2:1134383/1‑117 (MQ=255) ccGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTCTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCg < 1:1456954/150‑1 (MQ=255) cGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCAtgc > 1:353568/1‑83 (MQ=255) cGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCAtgc < 2:353568/83‑1 (MQ=255) cGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCgg < 2:1811927/150‑1 (MQ=255) cGTTAGCGGCTGTTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGc < 1:438425/150‑1 (MQ=255) gTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCgct > 1:406288/1‑102 (MQ=255) gTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGAt < 2:406288/104‑1 (MQ=255) gTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCg < 2:218923/150‑1 (MQ=255) tAGCTGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGa < 1:1463176/150‑1 (MQ=255) cGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGAtgt < 2:133535/150‑1 (MQ=255) tCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGt < 2:1028618/104‑1 (MQ=255) tCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGt > 1:1028618/1‑104 (MQ=255) aTTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGATGTGGCCATAggg < 2:1106124/150‑1 (MQ=255) ttttCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGATGTGGCCATAGGGt > 2:549183/1‑150 (MQ=255) ttttCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGATGTGGCCATAGGGt > 2:1812632/1‑150 (MQ=255) ttttCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGATGTGGCCATAGGGt < 1:1268538/150‑1 (MQ=255) tttCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGCCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGATGTGGCCATAGGGtt < 2:428703/150‑1 (MQ=255) ttCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGATGTGGCCATAGGGTTg < 2:1868600/150‑1 (MQ=255) | TTTTTGCCTTTGGGGGATTCGATGAACAGCGAGCAGCAAGCGTTAGTTGAGATGCCAATCTGGTTGGTGATCTTCCTGTCCCTGGTCGGCGGGGTGTCAGGCGAGATGTGGCGGGCCGACATGGCCGGCGTTAGCGGCTGGTTCATTTTCCGCCAGGTGCTG‑CTGCGCTCCGGTGCCTGCGTCGTATGCGGACTGTCGACCATCATGCTGCTGTACTCGGCGGGCATGTCGATGTGGTCGGCCAGTGCCATTGGTTGTCTCACTGCCACTGCCGGTGCGGATGTGGCCATAGGGTTG > NC_002947/3424946‑3425242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |