| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,507,789 | T→G | 15.9% | F32C (TTC→TGC) ‡ | PP_3105 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,507,789 | 0 | T | G | 15.9% | 90.3 / 13.8 | 44 | F32C (TTC→TGC) ‡ | PP_3105 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base G (4/3); total (21/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
TTTCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGACA > NC_002947/3507645‑3507937 | tttCGTGGCTGTGTACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTTGCGCTGCCATTCATgg < 2:929479/150‑1 (MQ=255)tttCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATgg < 1:1854932/150‑1 (MQ=255) tACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCACCGCCATGAATGGCggc > 2:57588/1‑137 (MQ=255) tACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCACCGCCATGAATGGCggc < 1:57588/138‑2 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gccATTCATGGCGGTGCCAGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCgctgct < 1:456651/150‑1 (MQ=255) ttCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCCATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGaca < 1:520886/150‑1 (MQ=255) | TTTCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGACA > NC_002947/3507645‑3507937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |