| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,507,790 | C→A | 15.6% | F32L (TTC→TTA) ‡ | PP_3105 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,507,790 | 0 | C | A | 15.6% | 106.1 / 11.4 | 45 | F32L (TTC→TTA) ‡ | PP_3105 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/21); new base A (4/3); total (21/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
TTTCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATGGCGGTGCCGGCGATCCTGATCATTATCGTTATGACGCTGTGGTGCATCAATTGTGCTTACCGCAGTGAGCACTTTGTAAGTTTCGCGAATTTGCGCATGTTCTTCAATATGTCGGTTGCACCAATGTTCGCATCGCTGCTGACAC > NC_002947/3507645‑3507938 | tttCGTGGCTGTGTACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTTGCGCTGCCATTCATgg < 2:929479/150‑1 (MQ=255)tttCGGGGCTGGGCACTACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCGCCGCCATTCATgg < 1:1854932/150‑1 (MQ=255) tACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCACCGCCATGAATGGCggc > 2:57588/1‑137 (MQ=255) tACCCTGGGTAATTTCTTGACGGGGAAGGATTAAATGTTTACCACAGAACGTTTTTTTAAAAAAATCTGGTCGGTGTGGCTGCTGGTCGTGATATTGGCCCTGATGATGACCGGAGTGGCACCGCCATGAATGGCggc < 1:57588/138‑2 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |