| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,520,124 | T→A | 7.4% | intergenic (+700/‑180) | PP_5580 → / → PP_5582 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,520,124 | 0 | T | A | 7.4% | 161.6 / 4.5 | 54 | intergenic (+700/‑180) | PP_5580/PP_5582 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/22); new base A (2/2); total (30/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
AAGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGATTGTTTGTTGTGTCTC > NC_002947/3519988‑3520273 | aaGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATa < 2:1640295/150‑1 (MQ=255) gAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTg < 1:1801740/150‑1 (MQ=255) aaGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATGTCAGGGCGCCTGGAGGACGAGGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAAGAGCGCt > 2:1856964/1‑150 (MQ=255) aGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTc > 2:144555/1‑150 (MQ=255) cTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagcat > 2:1642610/1‑138 (MQ=255) cTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagcat < 1:1642610/139‑2 (MQ=255) atagtAGGGCGTCTGGGGGCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCACGCCGCCTGGATGACTAGGGTGCATCTTGTTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTg < 1:1869998/146‑1 (MQ=255) tATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTgg < 1:1627312/150‑1 (MQ=255) cGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATa > 2:1749560/1‑132 (MQ=255) cGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATa < 1:1749560/132‑1 (MQ=255) gggTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCa > 1:1299615/1‑150 (MQ=255) gTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCAtt < 1:654372/150‑1 (MQ=255) tatTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGc < 1:677843/150‑1 (MQ=255) tttGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCga > 1:378509/1‑150 (MQ=255) aataaaGTCCAAGATATATAATGGCGCATGGAGCAGGAAAGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGAGAGTATCAATGCTTACTCATGCAAGCAATAGTGCTCGTGGTACCGAAATATTCATTGAGCGAGATGGc > 2:592738/6‑150 (MQ=255) cAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagcattga < 2:437728/103‑5 (MQ=255) cAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCATAagcaagcattga > 1:437728/1‑99 (MQ=255) aGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATAGTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGt > 1:42418/1‑150 (MQ=255) gATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGt > 2:570333/1‑149 (MQ=255) gATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGt < 1:570333/149‑1 (MQ=255) tatCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCt < 2:181557/150‑1 (MQ=255) tatCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCt > 1:649750/1‑150 (MQ=255) atCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCtt > 1:621373/1‑150 (MQ=255) atCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCtt > 2:523355/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGGGGTTGGCTTGTa > 1:1512506/1‑150 (MQ=255) gaggaCGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGAc > 1:1619713/1‑150 (MQ=255) aTGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAAtt < 2:1777034/150‑1 (MQ=255) tGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCAAGGATCGGAGCAATGATTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCaaa > 2:1005775/1‑150 (MQ=255) gAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCaaaa > 1:1822219/1‑150 (MQ=255) tGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCAc < 1:1281520/150‑1 (MQ=255) tGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCAc < 2:1619713/150‑1 (MQ=255) cTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATgcaa > 2:1091015/1‑53 (MQ=255) cTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATgcaa < 1:1091015/53‑1 (MQ=255) tATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTAc > 1:845822/1‑150 (MQ=255) tATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTAc < 1:523355/150‑1 (MQ=255) aGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAg < 2:1299615/150‑1 (MQ=255) tgtgAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTg > 1:673589/1‑150 (MQ=255) gtgAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGt < 1:953974/150‑1 (MQ=255) agcagcACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGaa < 2:649750/150‑1 (MQ=255) agcagcACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGaa > 1:1002098/1‑150 (MQ=255) agcagcACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTAGaa > 2:704794/1‑150 (MQ=255) cGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGc < 2:1279788/150‑1 (MQ=255) aGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAt < 2:297977/150‑1 (MQ=255) gTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAtt < 2:845822/150‑1 (MQ=255) tATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttg > 2:231061/1‑150 (MQ=255) tATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttg > 2:771478/1‑150 (MQ=255) tATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttg > 2:1182690/1‑150 (MQ=255) aTCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGc < 2:1284275/56‑1 (MQ=255) aTCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGc > 1:1284275/1‑56 (MQ=255) tCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgtt > 2:1664186/1‑150 (MQ=255) tCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgtt > 2:1668195/1‑150 (MQ=255) tCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgt < 2:1399433/149‑1 (MQ=255) tCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgt > 1:1399433/1‑149 (MQ=255) ctattgcttgcaTAAGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgtt > 2:237271/5‑150 (MQ=255) tattgcttgcaTAAGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTa > 1:1211339/4‑88 (MQ=255) tattgcttgcaTAAGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTa < 2:1211339/85‑1 (MQ=255) aTGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGAttgtttgt > 2:506891/1‑150 (MQ=255) tgcttgctTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGATtgtttgtt > 2:1615625/1‑150 (MQ=255) gcttATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGATTGTTTGTTGTGtc < 2:621373/150‑1 (MQ=255) tttATGCAAGCAATAGTGCTCAAGGTACAGAAATATTCATTGAGCGATATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACACAAATTACAACATGAACCTTAACAAATTCTATCTGTCGAACGGATGCTTGATTGTTTGTTGTGtct > 2:415088/2‑150 (MQ=255) ttATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGATTGTTTGTTGTGtctc < 1:144555/150‑1 (MQ=255) | AAGGAAAGGCTATTAGGGCGTCTGGGGTCATATTTGAGAATCGAGTCCCAGATATATCATGCCGCCTGGAGGACGATGGTGAATATTGGTGCTATGAATATAGGTGTGAAGCAGCACGGATAGTATCAATGCTTGCTTATGCAAGCAATAGTGCTCCTGGTACAGAAATATTCATTGAGCGAGATGGCGAAAGCGTGGTTGGCTTGTATTTTTACGACAAAAATTCAAAAGTGCACCTTTACAAAGTCTAGCTGTCGAATTTATGCGTGATTGTTTGTTGTGTCTC > NC_002947/3519988‑3520273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |