| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 274,788 | A→T | 8.2% | L387Q (CTG→CAG) | PP_0222 ← | DszA family monooxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 274,788 | 0 | A | T | 8.2% | 222.4 / 9.1 | 74 | L387Q (CTG→CAG) | PP_0222 | DszA family monooxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/34); new base T (4/2); total (38/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
TCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGG > NC_002947/274644‑274929 | tCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCg < 2:161299/150‑1 (MQ=255)tCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCg < 1:523232/150‑1 (MQ=255) tgaaaCAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCa > 2:1323499/4‑150 (MQ=255) ggAACAGTGTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCAt < 2:33855/150‑1 (MQ=255) aGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATc < 2:549381/150‑1 (MQ=255) aGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATc < 2:549605/150‑1 (MQ=255) gcgcAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGAt > 2:21800/1‑150 (MQ=255) gcAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGCCGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCCTCGATCCAcgccttca > 2:231418/1‑145 (MQ=255) gggTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAAcc > 2:698082/1‑149 (MQ=255) gggTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACt < 2:1515887/150‑1 (MQ=255) gCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTc < 1:605468/150‑1 (MQ=255) cTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCgg > 2:1702842/1‑150 (MQ=255) cTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCgg > 2:1702867/1‑150 (MQ=255) gtgtAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACt < 1:773500/139‑1 (MQ=255) gtgtAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACt < 1:767031/139‑1 (MQ=255) gtgtAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACt > 2:773500/1‑139 (MQ=255) gtgtAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACt > 2:767031/1‑139 (MQ=255) tgtAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑Ct > 1:1851395/1‑150 (MQ=255) gtAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTg < 2:684578/150‑1 (MQ=255) gCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACAGATCGGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCa > 1:881107/1‑150 (MQ=255) tCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGCGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGgc > 2:1613215/1‑149 (MQ=255) tCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGCGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGgc < 1:1613215/149‑1 (MQ=255) cTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGgcgc < 2:1243921/150‑1 (MQ=255) gCCACGCTGGTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAg < 1:196795/150‑1 (MQ=255) cACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAggg > 2:1052813/1‑150 (MQ=255) aaGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCg < 1:1702842/150‑1 (MQ=255) aaGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCg < 1:1702867/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGTCCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGt > 1:486395/1‑150 (MQ=255) tCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGt < 1:167079/150‑1 (MQ=255) gATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCAc < 2:1797488/76‑1 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tCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGAt > 1:1031822/1‑65 (MQ=255) ccTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgc < 1:227908/150‑1 (MQ=255) cTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgcg > 1:392947/1‑150 (MQ=255) tCGAGGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTGCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgcgc > 2:1010456/1‑150 (MQ=255) tCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgcgc > 2:47807/1‑150 (MQ=255) aaGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCcgg < 1:1010456/150‑1 (MQ=255) gCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCcggcg > 1:1303870/1‑150 (MQ=255) ctctCGGGGGTGACGGTGGCATGT‑GGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCcggcgg < 1:575389/150‑1 (MQ=255) tcCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTa < 1:304192/107‑1 (MQ=255) tcCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTa > 2:304192/1‑107 (MQ=255) tcCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgc < 2:1231357/139‑1 (MQ=255) tcCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGgc > 1:1231357/1‑139 (MQ=255) tcCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTc > 2:1915124/1‑150 (MQ=255) gACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGtt < 1:999387/150‑1 (MQ=255) cGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGt < 2:196632/150‑1 (MQ=255) cGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGCCGGGACGAATCGATCCACGCGATCAACGTCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGt < 2:448228/150‑1 (MQ=255) gT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCt < 1:1651529/150‑1 (MQ=255) t‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCtt > 2:273619/1‑150 (MQ=255) aGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTgg > 2:620876/1‑150 (MQ=255) ggTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGgc < 1:1026344/150‑1 (MQ=255) ggTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAAATGgc > 2:386875/1‑150 (MQ=255) gTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGt < 2:420467/134‑1 (MQ=255) 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tGAAACCGGCCTGGACGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAgg > 2:1914630/1‑96 (MQ=255) aaCCGTCCAGGCCTGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGACTCGCTGTT‑AGGGGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCATGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTgg < 1:117095/150‑1 (MQ=255) aaCCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCTGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTgg > 2:1079072/1‑150 (MQ=255) aaCCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTgg < 2:1144124/150‑1 (MQ=255) | TCGGCCTGGAACAGTTTTTCGCGCAGGGTGCCTTCGGTGTAGGCAGTCTTGTAGCGGCCACGCTGCTGAAGTTGCGGGATGACCAGCTCGATGAAGTCCTCGAAGCTCTCCGGGGTGACGGT‑GCGGGTCAGGTTGAAACCGTCCAGGCCGGTTTCATCGATCCACGCGATCAACTGCTCGGCCAC‑CTGTTCAGGCGCGCCGACCAGGGTTACGTAGCGGCCGCCCAAGGCGTGCTGTTGCAACAGGCGCCGGCGGGTCCAGGCGTTGTCTTGCAACTGGCGCGTGG > NC_002947/274644‑274929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |