Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,911,545 | T→A | 6.8% | W271R (TGG→AGG) | PP_3451 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,911,545 | 0 | T | A | 6.8% | 170.5 / 4.5 | 59 | W271R (TGG→AGG) | PP_3451 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/34); new base A (2/2); total (23/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.11e-01 |
AGCAGGCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGAG > NC_002947/3911396‑3911691 | ggCAGGCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTTTGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGTTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCt < 2:446416/149‑1 (MQ=255) gCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGcc > 1:612743/1‑150 (MQ=255) cGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGNccc < 2:1187484/150‑1 (MQ=255) ttGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCgg < 1:855740/150‑1 (MQ=255) ttGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCgg < 2:1696170/150‑1 (MQ=255) ttGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCgg < 1:1737083/150‑1 (MQ=255) tgccgtgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCggg < 1:1641789/150‑1 (MQ=255) tgccgGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATc > 2:385907/1‑150 (MQ=255) gggtgggtGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGc > 2:1272683/1‑150 (MQ=255) gtgggtgTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCca > 1:1687907/1‑150 (MQ=255) tgggtgTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGTTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCcac > 1:657565/1‑150 (MQ=255) gtgtGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGc < 1:379079/150‑1 (MQ=255) gtggtgCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCa‑a < 1:1486832/150‑1 (MQ=255) tggtgCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑At < 2:1687907/150‑1 (MQ=255) gAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑At > 1:992339/1‑142 (MQ=255) gAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑At < 2:992339/142‑1 (MQ=255) ggCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAg < 1:802788/150‑1 (MQ=255) cGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGggccggc < 2:1230594/150‑1 (MQ=255) 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cGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAAc < 1:649514/150‑1 (MQ=255) ggAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAAcc < 2:540279/150‑1 (MQ=255) aGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCca < 1:1312833/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGTTTCGGGCGGAGCGCGCCGGATCGAAGGTGCGTAGAGGGTGTGCTGTGGAGTGAGGGTGTGCCTTTCGCGACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCC‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCcac < 2:1858825/150‑1 (MQ=255) tttCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTccc < 2:843376/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTa > 2:143072/1‑150 (MQ=255) ccgccgAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACgg > 1:458855/1‑150 (MQ=255) ccgccgAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAACTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACgg > 2:286100/1‑150 (MQ=255) ccgccgAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAACTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACgg > 2:286064/1‑150 (MQ=255) cgccgAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGt > 2:1099304/1‑150 (MQ=255) 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gggTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTNccc < 2:1200349/150‑1 (MQ=255) cATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCAGGGccgg > 2:1477640/1‑42 (MQ=255) cATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCAGGGccgg > 2:1482360/1‑42 (MQ=255) cATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCAGGGccgg < 1:1477640/44‑3 (MQ=255) cATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCAGGGccgg < 1:1482360/44‑3 (MQ=255) aGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCaa < 1:385907/150‑1 (MQ=255) gCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTCTCTGGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTGCCCCGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGc < 1:869937/150‑1 (MQ=255) gCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCA‑ACCAGATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGc > 1:1079273/1‑150 (MQ=255) aGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCt > 2:790737/1‑150 (MQ=255) tGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGaaaaa < 1:1099304/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAagta < 1:564532/150‑1 (MQ=255) tGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAagtagt > 1:1731856/1‑150 (MQ=255) gcTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGc > 2:1525332/1‑150 (MQ=255) cTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGcc < 1:1426197/150‑1 (MQ=255) tACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGCCCCt > 1:629377/1‑99 (MQ=255) tACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGCCCCt < 2:629377/99‑1 (MQ=255) gCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGa < 1:1272683/150‑1 (MQ=255) cccTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGAg < 1:790737/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTa > 2:1751645/1‑84 (MQ=255) ccTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTa < 1:1751645/84‑1 (MQ=255) cTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGaaaaa < 1:1352877/132‑1 (MQ=255) cTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGaaaaa > 2:1352877/1‑132 (MQ=255) tGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGAg > 1:1290990/1‑147 (MQ=255) tGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGAg < 2:1290990/147‑1 (MQ=255) | AGCAGGCGTTGCCGTGCCGGGTGGGTGTGGTGCGCGAGGCGTTCCGCCAGGTGAGCGCGCCGGAGCAGGCGTTTCGGGCGGAGCCCGCCGAGCCCAGGGTGGGTAGCGGGTGCCATGCCGAGGCAGTGTTTGCCTTGCGCTACCGGCCCTGGGCCCGGGGTATCTTGCCACAGCA‑ATGAATTACCAGGGCCGGCCTCTTCGCGGATAAACCCACAGGTCCCCCACACCGTACGGTCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGTCCAAGCCTGAAAAAGTAGTAGCCTCAGGAG > NC_002947/3911396‑3911691 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |