| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,082,784 | C→A | 12.3% | L229M (CTG→ATG) ‡ | PP_3592 → | RpiR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,082,784 | 0 | C | A | 12.3% | 150.6 / 8.2 | 55 | L229M (CTG→ATG) ‡ | PP_3592 | RpiR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/28); new base A (2/5); total (22/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
AACTGGTCGACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGA > NC_002947/4082635‑4082933 | aaCTGGTCGACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCAccc > 2:1576531/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTg < 2:28218/150‑1 (MQ=255) ggTCGACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGt < 1:839746/150‑1 (MQ=255) gTCTACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTg > 2:473815/1‑150 (MQ=255) gACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCAGGGTGAcc < 1:297217/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCgcaat < 1:381366/150‑5 (MQ=255) cAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCAGGGTGACCgcaat < 2:1901042/150‑5 (MQ=255) ccagcagCACTTCGCCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCtt > 2:1681190/7‑150 (MQ=255) gcCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTCCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTc < 2:920456/150‑1 (MQ=255) ccGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCt > 1:828042/1‑150 (MQ=255) cagCACTTCGCCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCtgt > 1:674733/3‑150 (MQ=255) cACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGAc > 1:132775/1‑150 (MQ=255) ttCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTgg > 1:1875096/1‑150 (MQ=255) ttCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTgg < 1:67066/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCCCCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGAt < 2:619089/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGAt < 2:619108/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGAt < 1:1756794/150‑1 (MQ=255) gAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGAt < 1:694318/150‑1 (MQ=255) ctgctgGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAAt < 1:473815/150‑1 (MQ=255) ctgctgGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAAt < 1:805894/150‑1 (MQ=255) tgctgGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATg < 2:1177069/150‑1 (MQ=255) tgctgGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATg > 1:1294491/1‑150 (MQ=255) ccGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGgtgt > 2:283522/1‑150 (MQ=255) gAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATCGCGGTCACCCTGCTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATACCAATGCCGACGAGGTGTTc < 2:1055016/150‑1 (MQ=255) aGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCATGATGACCGACACCTCCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATc < 2:1417978/150‑1 (MQ=255) gtggtgTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAg < 2:1412878/150‑1 (MQ=255) tgtTCTAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGACCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCGCCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGGTGCCAATGCCGACGAGGGGATCCGCACCCCCACCAAGCTCa > 2:809321/1‑150 (MQ=255) tgtTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATc > 1:926710/1‑137 (MQ=255) tgtTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATc < 2:926710/137‑1 (MQ=255) ttCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGTTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAAc > 1:1381310/1‑150 (MQ=255) cgcgcCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCt < 2:1875096/150‑1 (MQ=255) gcgcCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGCGCTCAACCTGTtgtg > 2:1151165/1‑150 (MQ=255) cgcCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTgg < 2:600512/150‑1 (MQ=255) gcCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCAGGGTGACCgcaa < 2:998621/78‑4 (MQ=39) gcCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCAGGGTGACCgcaa > 1:998621/1‑75 (MQ=39) cGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGa > 1:1045714/1‑131 (MQ=255) cGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGa < 2:1045714/131‑1 (MQ=255) gTTAGTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGAACGACACATTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGCCGAGGTGTGCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAAt > 2:888664/1‑150 (MQ=255) gCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATg < 2:241343/150‑1 (MQ=255) tGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGt > 2:1818485/1‑150 (MQ=255) tGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGt > 2:1282382/1‑150 (MQ=255) tGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGt < 2:674733/150‑1 (MQ=255) aGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATc < 1:283522/150‑1 (MQ=255) aGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGGCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGCTGCTGTCGTGGGTGCATc > 2:1346597/1‑150 (MQ=255) aGAAGGCGCGCGAGGCTGACATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGtt > 1:1484780/1‑85 (MQ=255) aGAAGGCGCGCGAGGCTGACATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGtt < 2:1484780/85‑1 (MQ=255) gAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCt > 1:1662069/1‑150 (MQ=255) aGGTGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTTACCCGGGTGACCGACAGCTTCTGTTACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGATGTGTTTCGTCTCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGa < 2:88836/150‑1 (MQ=255) aGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCCCCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATNTGa < 2:1187537/150‑1 (MQ=255) gcgcgcGAGGCTGGCCTTGCGGTCCCCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATg < 1:809321/150‑1 (MQ=255) gcgcgcGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATg < 1:243691/150‑1 (MQ=255) gCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAg < 2:1662069/150‑1 (MQ=255) cTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAgg < 1:1282382/150‑1 (MQ=255) tcGGTCACCAGGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCAc > 1:1451918/2‑101 (MQ=255) tcGGTCACCAGGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCAc < 2:1451918/100‑1 (MQ=255) tCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGc > 1:1033506/1‑150 (MQ=255) ccccTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTc < 2:754676/149‑1 (MQ=255) cTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGa > 1:1539495/1‑150 (MQ=255) cTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCGGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGa > 1:414074/1‑150 (MQ=255) | AACTGGTCGACATCAGCGCCGGGCACTTCGGCGAAGTGCTGCTGGGCCGTGCCGAAGACAGCGCCCTGGTGGTGTTCGAGGCGCGCCGTTATTCCCGCCATGCCCTGATGCTGTGCCAGAAGGCGCGCGAGGCTGGCATTGCGGTCACCCTGGTGACCGACACCTTCTGTGACTGGGCGGATGCCAATGCCGACGAGGTGTTCCGCATCCCCACCGAGTTCAACCTGTTCTGGGAATCCACCTCGACGATGCTGTCGTGGGTGCATCTGATGGTCAACGAGGTCTGCAAGAAGCTCGGA > NC_002947/4082635‑4082933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |