| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,293,264 | G→A | 5.6% | intergenic (+36/+34) | PP_3762 → / ← PP_3763 | two‑component system response regulator/precorrin‑6A synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,293,264 | 0 | G | A | 5.6% | 262.2 / 2.8 | 88 | intergenic (+36/+34) | PP_3762/PP_3763 | two‑component system response regulator/precorrin‑6A synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/37); new base A (2/3); total (48/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
CCAGCGGCTACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCAGTATCTGCGCCTTCACCGCCTGCAACGGCCCGGCAATCA > NC_002947/4293116‑4293410 | ccAGCGGCTACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGt > 1:1194321/1‑150 (MQ=255)ccAGCGGCTACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGt > 1:166797/1‑150 (MQ=255) ggCTACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGTTGATTGAATGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTAGTAGGCGCGGGCGTGCCcg > 1:1278565/1‑150 (MQ=255) tACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGa > 2:1246641/1‑150 (MQ=255) tACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGa < 2:238165/150‑1 (MQ=255) tACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGa > 1:972142/1‑150 (MQ=255) tACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCACGCCcgcgc < 1:1362825/150‑2 (MQ=255) tACGCCGACAGTTTCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCACGCCcgcgc < 1:1856372/150‑2 (MQ=255) 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tttCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGaca > 2:636051/1‑150 (MQ=255) ttCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAgg < 1:1387130/143‑1 (MQ=255) ttCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAgg > 2:1387130/1‑143 (MQ=255) ttCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGacac < 1:1855248/150‑1 (MQ=255) ttCAATGTGCCGGAGGGCATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGacac > 1:1200429/1‑150 (MQ=255) 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cATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTcaca > 2:1744962/1‑150 (MQ=255) cATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTcaca < 1:993387/150‑1 (MQ=255) cATGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTcaca > 2:211727/1‑150 (MQ=255) aTGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAg > 1:851822/1‑150 (MQ=255) tGCACTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGc > 2:439170/1‑150 (MQ=255) cTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACTCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGctctc > 1:1236910/1‑150 (MQ=255) cTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTcaca > 2:1219698/1‑144 (MQ=255) cTTGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTcaca < 1:1219698/144‑1 (MQ=255) ttGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAagag < 1:246200/118‑1 (MQ=255) ttGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAagag > 2:246200/1‑118 (MQ=255) ttGATCGGCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGctctct < 2:972142/150‑1 (MQ=255) ggCAAGCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCgcag < 1:289554/150‑1 (MQ=255) gCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGAt > 2:1587230/1‑150 (MQ=255) gCCGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGAt > 1:1501998/1‑150 (MQ=255) cGTTCAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTAGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAg < 2:1278565/150‑1 (MQ=255) cAGCATCGACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTAt < 1:439170/150‑1 (MQ=255) 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gACCAGTTGCGGGACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGAt > 1:411004/1‑150 (MQ=255) ggACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTAc < 2:35273/150‑1 (MQ=255) gACACGGTGGTGGGTATTCTGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCTCGGCAGATGTGTATCCATGATCCGCCCCTCAcg > 2:865877/1‑150 (MQ=255) acacGGTGGTGGGTATTCTGGGTAACCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTAcgc < 2:1752129/150‑1 (MQ=255) tGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCgcgc > 1:1596615/1‑150 (MQ=255) tGGGTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCgcgc > 1:1613335/1‑150 (MQ=255) ggTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTgcg < 1:754817/96‑1 (MQ=255) ggTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTgcg > 2:754817/1‑96 (MQ=255) ggTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCAc < 1:1744962/150‑1 (MQ=255) gTACCCCTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACt < 2:329039/150‑1 (MQ=255) cccTTGAGCACGGCCGCGCCTGTTTCGCTCGTAGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCGACACAGGCAACCCACCTCACAGCTCTCTGCGCAGCAGATAGGTATCCATGATCCACCCCTTACGCGCCCGCTCCCGCTCGCGCACTTCCa > 1:1524999/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |