| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 58,363 | T→C | 5.4% | intergenic (‑274/+414) | PP_5424 ← / ← PP_0050 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 58,363 | 0 | T | C | 5.4% | 309.3 / 3.3 | 103 | intergenic (‑274/+414) | PP_5424/PP_0050 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/48); new base C (2/4); total (51/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCTTTGGGTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTAGGAGCTAAAG > NC_002947/58214‑58512 | gCTTTGGGTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTGGGGGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCAGTCTGAATCTCCGGTTTCACGTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCTTGCATCAGATCTCGATTGACACGCGTGCGGCTTTGGATATCGTTGCAAtt > 2:576379/1‑150 (MQ=255) cTTTGGGTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTg > 1:1343641/1‑150 (MQ=255) cTTTGGGTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTg > 1:1343416/1‑150 (MQ=255) tttGGGTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCGATTGa > 2:1479014/1‑150 (MQ=255) tttGGGTCGATAGCGGCCTTCGAGGCTGTGGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGa < 1:941360/150‑1 (MQ=255) tGGGTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAgg < 1:894342/150‑1 (MQ=255) gggTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAggg < 1:420510/150‑1 (MQ=255) gggTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAggg < 2:1554287/150‑1 (MQ=255) ggTCGATAGCGGCCTTCGTGGGGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGTCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATCGAGGGc > 2:1553428/1‑150 (MQ=255) gTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCGAGTGAGGGcg > 1:86766/1‑149 (MQ=255) gTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAgg < 2:886533/147‑1 (MQ=255) gTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAgg > 1:886533/1‑147 (MQ=255) tCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTg > 2:1280432/1‑150 (MQ=255) gCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTg < 2:1865430/150‑1 (MQ=255) ccTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCa < 2:1343416/150‑1 (MQ=255) cTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCAt > 2:31123/1‑150 (MQ=255) gTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATAAGATCTTGATTGATACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGt > 2:1035181/1‑150 (MQ=255) ggAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGa > 2:123843/1‑127 (MQ=255) ggAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGa < 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attgaCACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGa > 1:1055324/1‑150 (MQ=255) tgaCACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATCGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGAtt < 1:72063/150‑1 (MQ=255) acacGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCAt > 1:329369/1‑74 (MQ=255) acacGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCAt < 2:329369/74‑1 (MQ=255) cgcgTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGaa < 2:196752/150‑1 (MQ=255) cgcgTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGaa < 2:203256/150‑1 (MQ=255) cgcgTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGaa < 2:314343/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTTTGGATAGCCTTTCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGa < 1:49446/69‑1 (MQ=255) tGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGa > 2:49446/1‑69 (MQ=255) gCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCaa > 2:340943/1‑150 (MQ=255) gCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCaa < 2:434706/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTTCGTTAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGTAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCaa < 1:89579/150‑1 (MQ=255) cTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCa < 2:25454/38‑1 (MQ=255) cTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCa > 1:25454/1‑38 (MQ=255) cTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTc > 1:153362/1‑150 (MQ=255) tttGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCg > 1:1246839/1‑150 (MQ=255) gATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTgg < 1:1786405/47‑1 (MQ=255) gATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTgg > 2:1786405/1‑47 (MQ=255) ccTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTAg < 1:1035181/150‑1 (MQ=255) ttGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTAGGa < 1:1398146/150‑1 (MQ=255) gCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTa < 1:821846/145‑1 (MQ=255) gCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTa > 2:821846/1‑145 (MQ=255) aTTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTAGGAGc < 1:77071/147‑1 (MQ=255) aTTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTAGGAGc > 2:77071/1‑147 (MQ=255) tGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGATGTAGTGACGGCGCGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTAGGAGCTAAAg < 2:1052630/150‑1 (MQ=255) | GCTTTGGGTCGATAGCGGCCTTCGTGGAGGTTGGTGTCTACGGGGTCGGTTTAGTCATTCTGAATCTCCGGTTTCACCTCCGTGAGGCCGGCCATCGTCATGCATCAGATCTTGATTGACACGCGTGCCGCTTTGGATAGCCTTGCAATTGAGGGCTGCAACTGCGCATTTGTCGGGCCTGGGTACCAGCATGAGCCCCCGCAATTTTGGCAGCAGAGGAAGCTGGTTCCTCTGAAGTAGTGACGGCGGGCATTGCCAGTCGGATTCTGAACCCAAGGTCGCCAGACTAGGAGCTAAAG > NC_002947/58214‑58512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |