| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,520,860 | C→T | 7.2% | G308S (GGT→AGT) | icd ← | NADP(+)‑specific isocitrate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,520,860 | 0 | C | T | 7.2% | 234.6 / 6.1 | 84 | G308S (GGT→AGT) | icd | NADP(+)‑specific isocitrate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/38); new base T (3/3); total (43/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
GAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTCGCGACCGGTCTTGGGGTTCTTGAACTTCATCCAAGGGCCGCCATCAAGCAGT > NC_002947/4520712‑4521008 | gAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCg < 2:1767915/150‑1 (MQ=255)gAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCg < 1:1657445/150‑1 (MQ=255)gAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGCTATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCg < 1:481111/150‑1 (MQ=255) aGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCgt > 1:257518/1‑150 (MQ=255) aGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCgt > 2:265171/1‑150 (MQ=255) cccGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCgttg > 1:519934/1‑150 (MQ=255) ccGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCACACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGACGATAACGCCCACTTCTGCGGCCCGGGCATCGGACAGGTAGTCCCCgtaga > 2:391374/1‑150 (MQ=255) cGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCgttgag < 2:257518/150‑1 (MQ=255) aCCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGttgaggttgagg > 1:503212/1‑150 (MQ=255) aCCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCATAGATGGAGTCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTNCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGttgaggttgagg < 1:593805/150‑1 (MQ=255) cTTGTCCTGCCCTGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGt > 1:217997/1‑150 (MQ=255) cTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGt > 1:481283/1‑150 (MQ=255) ttGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTg > 2:560211/1‑150 (MQ=255) ttGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTg > 1:411770/1‑150 (MQ=255) tCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCg > 1:734493/1‑150 (MQ=255) cccGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCAc > 1:1677331/1‑150 (MQ=255) ggCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCAcgtc < 2:41625/150‑1 (MQ=255) cTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTc > 2:1444793/1‑150 (MQ=255) 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aagggCCTCGAACTTGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGCTACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGAt < 1:645657/147‑1 (MQ=255) ccTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTg > 2:1415073/1‑110 (MQ=255) ccTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTg < 1:1415073/110‑1 (MQ=255) tCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCtgctgc > 1:1695134/1‑150 (MQ=255) tCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCtgctgc > 1:64480/1‑150 (MQ=255) aaCATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTgcagc > 2:1583384/1‑150 (MQ=255) aCATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTgcagca < 2:1224973/150‑1 (MQ=255) aTGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATg > 1:242342/1‑150 (MQ=255) ggCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGc < 1:1394123/150‑1 (MQ=255) ccACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGt > 1:1028286/1‑150 (MQ=255) aCGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATg > 1:59230/1‑144 (MQ=255) 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aCAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATAGGAAAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATggagg > 2:596215/1‑147 (MQ=255) gTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCtt > 1:238760/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCtt > 1:1695388/1‑150 (MQ=255) tGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGCTCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGa < 1:1660111/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGa < 2:1332419/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |