| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,795 | C→T | 7.6% | intergenic (‑42/+87) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,795 | 0 | C | T | 7.6% | 207.7 / 3.6 | 74 | intergenic (‑42/+87) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/28); new base T (2/4); total (42/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCA > NC_002947/337648‑337943 | gggtggtGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGC < 2:1456788‑M1/147‑1 (MQ=255) gAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGAGCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaa < 2:1876134‑M1/150‑4 (MQ=255) ggggCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCGTGCCCGCgaagag < 1:408754‑M1/150‑7 (MQ=255) 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cttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCGTGCccgcgaa > 1:371321‑M1/121‑138 (MQ=255) cttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCGTGCccgcgaa < 2:371321‑M1/21‑4 (MQ=255) cttcttcgccgcaggcgtgttctacctggtgagctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCGTGCccgcgaa < 2:371427‑M1/21‑4 (MQ=255) gTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCCGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtag > 2:329154‑M1/1‑146 (MQ=255) tCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAgcgc < 1:419419/150‑1 (MQ=255) 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aGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgg > 1:1855747‑M2/1‑136 (MQ=255) aGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTAAacctgtgggcgcgg > 2:1763022‑M2/1‑136 (MQ=255) ggCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGTATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggc > 1:253845‑M2/1‑134 (MQ=255) cTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 2:1046044‑M1/101‑1 (MQ=255) cTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG > 1:1046044‑M1/1‑101 (MQ=255) gAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgccc > 1:1818222‑M2/1‑128 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgt < 2:1760404‑M1/123‑35 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgt > 1:1760404‑M1/1‑89 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATacctgtgg > 1:127110‑M2/1‑117 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATacctgtgg < 2:127110‑M2/125‑9 (MQ=255) gTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatac < 2:1481080‑M1/115‑31 (MQ=255) gTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatac > 1:1481080‑M1/1‑85 (MQ=255) 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tgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac < 1:1815972‑M1/58‑1 (MQ=255) tgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac > 2:1815972‑M1/30‑87 (MQ=255) tgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:981977‑M1/74‑1 (MQ=255) tgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGCTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGt > 2:981977‑M1/30‑103 (MQ=255) cAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatac < 2:1195692‑M1/86‑31 (MQ=255) cAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatac > 1:1195692‑M1/1‑56 (MQ=255) tggtggTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctat > 1:380131‑M1/1‑46 (MQ=255) tggtggTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctat < 2:380131‑M1/74‑29 (MQ=255) tcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac < 2:1066769‑M1/58‑1 (MQ=255) tcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac > 1:1066769‑M1/11‑68 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgc < 1:1098488/55‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgc > 2:1098488/1‑55 (MQ=255) gGGGCACGCCCGCTCGCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTg > 1:192815‑M1/2‑150 (MQ=255) gggCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttc > 1:1818222‑M1/1‑22 (MQ=255) ACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa < 2:1067795‑M1/150‑1 (MQ=255) | GGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCA > NC_002947/337648‑337943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |