| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,557,081 | G→T | 7.9% | P147Q (CCG→CAG) | gntZ ← | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,557,081 | 0 | G | T | 7.9% | 307.9 / 9.3 | 99 | P147Q (CCG→CAG) | gntZ | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/47); new base T (4/4); total (48/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGT > NC_002947/4556932‑4557228 | acccGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGTCCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCg < 1:680050/147‑1 (MQ=255)aCTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCg < 2:614905/150‑1 (MQ=255) cTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCgg > 1:1493103/1‑150 (MQ=255) 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2:288178/150‑1 (MQ=255) cccGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCa < 1:582058/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGaa < 2:1571166/104‑1 (MQ=255) ccGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGGA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGaa > 1:1571166/1‑104 (MQ=255) cGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAgc > 1:910387/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAgc > 1:1895898/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCgcggc < 1:692542/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGgcgc < 1:1921616/150‑1 (MQ=255) cgcCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCAt < 1:1291363/150‑1 (MQ=255) gcCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATg > 2:512445/1‑150 (MQ=255) ccTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGcc > 1:618336/1‑76 (MQ=37) ccTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgt > 1:121263/1‑150 (MQ=255) cTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtc > 1:656812/1‑150 (MQ=255) cTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGCCTCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtc < 1:704142/150‑1 (MQ=255) gAACACCGGCTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGCTCA‑CACTCATAACGCCGCCGTCCAAGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtcgtc < 1:224571/150‑1 (MQ=255) aCAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCt > 1:1235335/1‑150 (MQ=255) aCAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCt < 1:518192/150‑1 (MQ=255) gCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTACAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGt < 1:1079242/150‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGCCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGc > 2:797490/1‑117 (MQ=255) cGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGAGCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGc < 1:797490/117‑1 (MQ=255) | ACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGT > NC_002947/4556932‑4557228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |