| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,557,086 | C→A | 8.5% | L145L (CTG→CTT) | gntZ ← | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,557,086 | 0 | C | A | 8.5% | 311.7 / 9.3 | 102 | L145L (CTG→CTT) | gntZ | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/52); new base A (5/4); total (46/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGT > NC_002947/4556939‑4557235 | gCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAg < 1:355377/150‑1 (MQ=255)gCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAg < 1:1899669/150‑1 (MQ=255) cGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACCGCGGTTCCAGgc < 2:652209/150‑1 (MQ=255) 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ccAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCgcggc < 1:692542/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGgcgc < 1:1921616/150‑1 (MQ=255) cgcCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCAt < 1:1291363/150‑1 (MQ=255) gcCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATg > 2:512445/1‑150 (MQ=255) ccTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgt > 1:121263/1‑150 (MQ=255) cTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtc > 1:656812/1‑150 (MQ=255) cTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGCCTCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtc < 1:704142/150‑1 (MQ=255) gAACACCGGCTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGCTCA‑CACTCATAACGCCGCCGTCCAAGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtcgtc < 1:224571/150‑1 (MQ=255) aCAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCt > 1:1235335/1‑150 (MQ=255) aCAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCt < 1:518192/150‑1 (MQ=255) gCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTACAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGt < 1:1079242/150‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGCCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGc > 2:797490/1‑117 (MQ=255) cGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGAGCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGc < 1:797490/117‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCTCGAAGAGGTCCGTGGCGCCGCGGAGCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGaa < 2:586657/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGaa < 1:843582/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAg < 2:1493103/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAg < 1:116357/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAgg < 2:1434138/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAgg < 1:1203227/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGgt > 2:686327/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGgt < 1:686327/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGgt > 2:1537976/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGgt > 2:1538010/1‑150 (MQ=255) | GCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTA‑GCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGT > NC_002947/4556939‑4557235 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |