Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,673,597 | G→C | 7.8% | G108A (GGG→GCG) ‡ | PP_4137 → | outer membrane siderophore receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,673,597 | 0 | G | C | 7.8% | 321.1 / 15.5 | 103 | G108A (GGG→GCG) ‡ | PP_4137 | outer membrane siderophore receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/47); new base C (4/4); total (52/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTGGC > NC_002947/4673450‑4673744 | aCCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTTTCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCggggg < 1:962209/150‑1 (MQ=255) tatggACATGAAGGGCGGGCGGGTGGGCCAAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCa < 2:1852215/148‑1 (MQ=255) ggtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCa > 2:868529/1‑150 (MQ=255) gtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACTATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCAc < 1:982710/150‑1 (MQ=255) gtggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCAc > 2:1065427/1‑150 (MQ=255) tggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACg < 2:1395207/150‑1 (MQ=255) ggACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCCCCGGCGCACgg < 2:1661043/150‑1 (MQ=255) gACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGTGCCGGGGGCGCACGGt > 2:1744523/1‑150 (MQ=255) 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cTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGAc > 2:271639/1‑150 (MQ=255) tCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGAcc > 2:28873/1‑150 (MQ=255) cAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCAGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑Ac > 1:1706767/1‑85 (MQ=255) cAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCAGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑Ac < 2:1706767/85‑1 (MQ=255) aaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGCATCGTGCTCGCCGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCaa > 2:527698/1‑150 (MQ=255) aaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCaa < 1:1171328/150‑1 (MQ=255) aaCCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCaa < 1:1168834/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCGCCCCCGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAg > 1:1395234/1‑150 (MQ=255) ccGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGCAGATCCACGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAgg < 1:527698/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGa < 1:1188924/105‑1 (MQ=255) gTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGa > 2:1188924/1‑105 (MQ=255) gTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCt > 2:1108403/1‑150 (MQ=255) gcCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑a > 1:837770/1‑75 (MQ=255) gcCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑a < 2:837770/75‑1 (MQ=255) gcCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCt > 2:1866730/1‑150 (MQ=255) gggggCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTGGc > 1:1872583/1‑150 (MQ=255) | ACCTGGTGGACATGCAGCGCGTGGGGCAAGGCCGAGTGGCCAGCAACCAGGACGTGCTGGCCTACCAGCCAGGGGTGTTCGCCCAATCGGCAGGTAACGATGGCATCAAGCTGTCGATACGCGGCTCGGGCCTCAACCGTGCGCCGGGGGCGCACGGTTCCGGTGTCTACACCATGTTCGACGGCCTGCCGTTGACCGGCCCGGGCGGCACGCCTT‑ACGAACTGTTCGAACCGCTGTGGCTGAGCCGTGCCGAAGTGCTGCGTGGCGCCAATGGCTTTGACCAAGGCTCCCTGGC > NC_002947/4673450‑4673744 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |