| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 4,716,383 | A→C | 5.5% | N523T (AAT→ACT) | PP_4173 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 4,716,383 | 0 | A | C | 5.5% | 302.3 / 7.6 | 111 | N523T (AAT→ACT) | PP_4173 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/54); new base C (3/3); total (53/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CGGTGAAAGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCT > NC_002947/4716237‑4716527 | cgGTGAAAGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATcc < 2:1828916/150‑1 (MQ=255) ggTGAAAGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGAGGAGGACATTCCg < 2:72842/150‑1 (MQ=255) gTGAAAGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGATTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCgg < 2:167415/150‑1 (MQ=255) 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aGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCGGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGAtt < 2:723662/150‑1 (MQ=255) gTACTGCTGGTGGCGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCGATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgc > 2:1796848/1‑150 (MQ=255) gTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgc > 1:1588244/1‑150 (MQ=255) tACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTg > 2:618645/1‑62 (MQ=255) tACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTg < 1:618645/62‑1 (MQ=255) tgctgGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgccgcc > 2:1864466/1‑150 (MQ=255) tgctgGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGACCTGGTCGGCCGGCACCGCCTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgccgcc > 2:310602/1‑150 (MQ=255) ctgGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATTTATTGCCgcctg > 1:1832974/1‑150 (MQ=255) gtgnAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCgcctgcct > 2:1192372/1‑150 (MQ=255) tggAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTc > 1:1895221/1‑150 (MQ=255) tggAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGGCGTGGCAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTc > 1:912252/1‑150 (MQ=255) ggaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCTTGCTCAATTGCCTCAGG‑TGTTGTTGATGCACGGCAGCAAATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCt < 1:1375625/150‑1 (MQ=255) cgaCACTCCGGTTGACCGGATTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTAACCt > 1:1524689/2‑150 (MQ=255) gaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgcc > 1:1467185/1‑136 (MQ=255) gaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgcc < 2:1467185/136‑1 (MQ=255) | CGGTGAAAGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCT > NC_002947/4716237‑4716527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |