| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,716,390 | C→T | 5.3% | V525V (GTC→GTT) | PP_4173 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,716,390 | 0 | C | T | 5.3% | 327.4 / 6.3 | 112 | V525V (GTC→GTT) | PP_4173 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/54); new base T (3/3); total (55/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTATGA > NC_002947/4716244‑4716539 | aGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCCAc > 2:1233565/1‑150 (MQ=255) gTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCggc > 1:1418292/1‑149 (MQ=255) gTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGa < 2:1409641/150‑1 (MQ=255) tGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAg > 2:134576/1‑150 (MQ=255) gAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAgt < 2:1671452/150‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACACTCCGGTTGACCGGAttg < 1:1224793/150‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAgtg > 1:1087011/1‑150 (MQ=255) ccTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGt < 1:1666236/150‑1 (MQ=255) cTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTg > 1:181954/1‑150 (MQ=255) tGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTgg > 1:723662/1‑150 (MQ=255) gggTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGa < 1:26359/150‑1 (MQ=255) aCCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCAtg > 1:101618/1‑150 (MQ=255) cTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGa < 2:1280151/131‑1 (MQ=255) cTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGa > 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gaTGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTggg < 2:90011/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCt < 1:451874/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGNCAACGANTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGTTCACGTACTGCTGGTGGAGGAAAATCCGGCCAGCCGAATGATCGTGTAAGCCATGCTGCGCAGCCTGgggcgggc > 1:1868042/1‑150 (MQ=255) gTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGCCTTATTTATTGATTAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGc < 1:1553655/150‑1 (MQ=255) ttGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAGCCGGAGTGTCGTGGAAGCCTGGCGGCTCAGCCTGGGGCTGGCa > 2:439908/1‑150 (MQ=255) 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gCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTAGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACg > 2:1647855/1‑150 (MQ=255) ccAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAAGGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACGGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGGGAAAGCCATGCTACGCAGCCTGGGGCTGGCCGT‑ATGAACgg > 2:744531/1‑150 (MQ=255) cAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCa < 2:1390761/139‑1 (MQ=255) cAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCa > 1:1390761/1‑139 (MQ=255) cAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGc > 1:56556/1‑150 (MQ=255) 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caaGGTACGGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCCTTGCTGCCGTGCTGATGGa > 2:1425850/3‑150 (MQ=255) aGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGAtt < 1:1414867/150‑1 (MQ=255) aGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCGGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGAtt < 2:723662/150‑1 (MQ=255) tACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTg < 1:618645/62‑1 (MQ=255) tACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTg > 2:618645/1‑62 (MQ=255) tgctgGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgccgcc > 2:1864466/1‑150 (MQ=255) tgctgGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGACCTGGTCGGCCGGCACCGCCTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgccgcc > 2:310602/1‑150 (MQ=255) gtgnAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCgcctgcct > 2:1192372/1‑150 (MQ=255) tggAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTc > 1:1895221/1‑150 (MQ=255) tggAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTc > 1:403070/1‑150 (MQ=255) tggAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGGCGTGGCAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTc > 1:912252/1‑150 (MQ=255) ggaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCTTGCTCAATTGCCTCAGG‑TGTTGTTGATGCACGGCAGCAAATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCt < 1:1375625/150‑1 (MQ=255) cgaCACTCCGGTTGACCGGATTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTAACCt > 1:1524689/2‑150 (MQ=255) gaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgcc < 2:1467185/136‑1 (MQ=255) gaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgcc > 1:1467185/1‑136 (MQ=255) cGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGaa > 2:389901/1‑77 (MQ=255) cGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGaa < 1:389901/77‑1 (MQ=255) cGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCGGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCt < 2:1309352/150‑1 (MQ=255) gTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTAt < 1:1233565/150‑1 (MQ=255) cAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTATGa > 2:482330/1‑150 (MQ=255) | AGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTATGA > NC_002947/4716244‑4716539 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |