| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,716,391 | A→G | 5.3% | N526D (AAC→GAC) | PP_4173 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,716,391 | 0 | A | G | 5.3% | 338.8 / 5.6 | 113 | N526D (AAC→GAC) | PP_4173 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/54); new base G (3/3); total (56/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTATGAA > NC_002947/4716244‑4716540 | aGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCCAc > 2:1233565/1‑150 (MQ=255) gTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGa < 1:412183/150‑1 (MQ=255) gTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGa < 2:1409641/150‑1 (MQ=255) tGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAg > 2:134576/1‑150 (MQ=255) gAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAgt < 2:1671452/150‑1 (MQ=255) gAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAAAGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAgt < 1:134576/150‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACACTCCGGTTGACCGGAttg < 1:1224793/150‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAgtg > 1:1087011/1‑150 (MQ=255) 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cTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGa > 1:1280151/1‑131 (MQ=255) cccTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACCACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCa < 1:1276712/150‑1 (MQ=255) ccTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAg > 1:875781/1‑150 (MQ=255) cTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGc > 2:40170/1‑150 (MQ=255) tGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGcc > 2:562204/1‑150 (MQ=255) 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tACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTg < 1:618645/62‑1 (MQ=255) tgctgGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgccgcc > 2:1864466/1‑150 (MQ=255) tgctgGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGACCTGGTCGGCCGGCACCGCCTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgccgcc > 2:310602/1‑150 (MQ=255) ctgGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATTTATTGCCgcctg > 1:1832974/1‑150 (MQ=255) gtgnAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCgcctgcct > 2:1192372/1‑150 (MQ=255) tggAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTc > 1:1895221/1‑150 (MQ=255) tggAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGGCGTGGCAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTc > 1:912252/1‑150 (MQ=255) aggaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCAcc > 1:622675/1‑150 (MQ=255) ggaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCTTGCTCAATTGCCTCAGG‑TGTTGTTGATGCACGGCAGCAAATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCt < 1:1375625/150‑1 (MQ=255) cgaCACTCCGGTTGACCGGATTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTAACCt > 1:1524689/2‑150 (MQ=255) gaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgcc < 2:1467185/136‑1 (MQ=255) gaCAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTgcc > 1:1467185/1‑136 (MQ=255) cGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGaa > 2:389901/1‑77 (MQ=255) cGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGaa < 1:389901/77‑1 (MQ=255) cGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCt > 2:662359/1‑150 (MQ=255) cGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCGGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCt < 2:1309352/150‑1 (MQ=255) gTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTAt < 1:1233565/150‑1 (MQ=255) aaCCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTATGaa < 2:181954/150‑1 (MQ=255) aaCCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTATGaa < 2:1087011/150‑1 (MQ=255) aaCCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTATGaa < 1:1759213/150‑1 (MQ=255) | AGCCGTGAAGGCCTGGGTTCGACCTTCACCCTGGAGATGCCGTTGGCCCTTGCCAACCCTGCCCCCGTCCCGTTGACGCCGCCAACGACTGTACGAACGACGGTGCCGGACAATGATCAGGTACTGCTGGTGGAGGACAATCCGGTCAACCGGAGTGTCGTGGAAGCCATGCTGCGCAGCCTGGGGCTGGCAGT‑ATGCACGGCAGAAGATGGCCTTGAAGCCGTCGAGCTGGTCGGCCGGCAGCGCTTTGCTGCCGTGCTGATGGATTGCCGCCTGCCTCACCTGGACGGCTATGAA > NC_002947/4716244‑4716540 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |