Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 337,825 | C→G | 5.8% | intergenic (‑72/+57) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 337,825 | 0 | C | G | 5.8% | 218.7 / 4.6 | 69 | intergenic (‑72/+57) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/27); new base G (2/2); total (40/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.69e-01 |
CTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACG > NC_002947/337676‑337972 | ctgctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTc > 2:1769486/1‑150 (MQ=255) ctgGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAg < 1:1206982/150‑1 (MQ=255) acctggtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgcgc > 1:1911131‑M1/98‑150 (MQ=255) 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tCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTac < 2:1746191/150‑1 (MQ=255) cAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACa > 2:422154‑M2/1‑149 (MQ=255) cAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACa > 1:1769486‑M2/1‑149 (MQ=255) gtgatcttgttcatgttggtgaaacgtttcaagctgcttgagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac > 2:1852716‑M1/93‑150 (MQ=255) gtgatctcgttcatgctggtgcaaggcttcaagctgctggagcgctggttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTacac > 1:255428‑M1/93‑150 (MQ=255) 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gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgc > 2:1098488/1‑55 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGgc < 1:1098488/55‑1 (MQ=255) gGGGCACGCCCGCTCGCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTg > 1:192815‑M1/2‑150 (MQ=255) ACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa < 2:1067795‑M1/150‑1 (MQ=255) TCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc < 2:1226273‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa < 2:807741‑M1/140‑1 (MQ=255) CCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCa > 1:807741‑M1/1‑140 (MQ=255) CCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGTTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 2:1070244‑M1/150‑1 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCCA‑CATTCCAGGTTGGCCCTACacctgtgcgagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccccagcccccacctaagcccccccttcccggccctcgaccac < 2:501345‑M2/150‑116 (MQ=255) cacaGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaaaacggcacatccttgccatgcccaaccacataaacagccaccacctaagcacccgcttccgggccctcgaccag < 1:329154‑M2/150‑116 (MQ=255) CACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 2:1592856‑M1/150‑1 (MQ=255) acaGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaa < 2:1760404‑M2/123‑90 (MQ=255) acaGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccacctaa > 1:1760404‑M2/1‑34 (MQ=255) ACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 1:829652‑M1/150‑1 (MQ=255) GGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTTGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTATCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACTCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCa < 2:1654368‑M1/150‑1 (MQ=255) gTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccac < 2:1481080‑M2/115‑86 (MQ=255) gTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctccacagcccccac > 1:1481080‑M2/1‑30 (MQ=255) gTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttg < 2:1195692‑M2/86‑57 (MQ=255) gTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttg > 1:1195692‑M2/1‑30 (MQ=255) TATAGCGCCA‑CCTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTCAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCCGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATGAcc < 2:721155‑M1/150‑1 (MQ=255) ataGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccacca > 1:380131‑M2/1‑28 (MQ=255) ataGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccacca < 2:380131‑M2/74‑47 (MQ=255) agagcGCCA‑CATTCAAGGGGGGCGCTAGacctgggggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatcctggccatgcccaaccacctccacagcccccacctaagcacccgcttccaggccctcgaccagttcctga > 1:501345‑M2/3‑28 (MQ=255) taGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctc > 1:285004‑M2/1‑27 (MQ=255) taGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTATacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccctcaaaaccaccacacatccttgccatgcccaaccacctc < 2:285004‑M2/100‑74 (MQ=255) gcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag < 2:44561/81‑1 (MQ=255) gcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag > 1:44561/1‑81 (MQ=255) gcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAg > 1:364407/1‑150 (MQ=255) aTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGAGAGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAacaa > 1:602957/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcaggc > 1:793306/1‑77 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcaggc < 2:793306/77‑1 (MQ=255) ttCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACg > 1:1742211/1‑150 (MQ=255) | CTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACG > NC_002947/337676‑337972 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |