| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,830,735 | T→A | 8.7% | D167V (GAC→GTC) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,830,735 | 0 | T | A | 8.7% | 301.9 / 14.2 | 101 | D167V (GAC→GTC) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/44); new base A (4/5); total (52/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCAGCTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGTGTACTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGTCGC > NC_002947/4830590‑4830884 | ccAGCTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGTGTACTGCAGGAAGGCGATGTCATc > 1:1420621/1‑150 (MQ=255) aGCTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGTGTACTGCAGGAAGGCGATGTCATCGc < 1:177432/150‑1 (MQ=255) aGCTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGTGTACTGCAGGAAGGCGATGTCATCGc > 1:1394410/1‑150 (MQ=255) 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aCCGGAGGTGTACTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTcgcg > 1:1907793/1‑150 (MQ=255) gAGGTGTACTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAgc > 2:744456/1‑150 (MQ=255) gAGCTGTACTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGCGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAgc < 2:1116449/150‑1 (MQ=255) tACTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCCGCgccgcc > 2:480456/1‑150 (MQ=255) ggAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAg < 1:640474/115‑1 (MQ=255) ggAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAg > 2:640474/1‑115 (MQ=255) aagggCGATGACATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTcag > 1:1345858/4‑150 (MQ=255) agggCGATGACATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTcagc > 1:841462/3‑150 (MQ=255) ggtcGATGACATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGcgccgc > 1:1411784/4‑139 (MQ=255) gATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTcagcagcag > 1:649459/1‑150 (MQ=255) aTGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGt < 2:567303/150‑1 (MQ=255) tCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGTcgc < 2:1067037/150‑1 (MQ=255) tCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGTcgc < 1:1768859/150‑1 (MQ=255) | CCAGCTGACGATCACATCGTCGGGGTTGAGGTCGATGCCAAAGCCTTGGCGGATCAGTTGCTCGTTGGCCACCAGGTTGCCATGGCTGACCTGCACGCCCTTGGGCAGCGCGGTGGAACCGGAGGTGTACTGCAGGAAGGCGATGTCATCGCCCTTGAGCACGGGTTCACGCCAGTTCGCAGCCAGGGCCGGGTCCAAGCCATCCACTGCCAGCAGTTGGGGGGCGTTGTCCGCCGCCAGGGCTTCCAGGCCCTGCAGGCTGTCGCGCAGCGCCGCCACGGTCAGCAGCAGTCGC > NC_002947/4830590‑4830884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |