| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,924,168 | C→G | 5.5% | E25Q (GAG→CAG) | PP_4333 ← | CheW domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,924,168 | 0 | C | G | 5.5% | 348.4 / 9.5 | 110 | E25Q (GAG→CAG) | PP_4333 | CheW domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/59); new base G (3/3); total (48/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CGGCCGCGGGGCAAAGCTGGCGGCGGCGGCTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAACCCACGGCTCTT > NC_002947/4924019‑4924317 | cGGCCGCGGGGCAAAGCTGGCGGCGGCGGCTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGcctc < 2:1073183/150‑1 (MQ=255) gcgGGGCAAAGCTGGCGGCGGCGGCTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTCCTgca > 1:852795/1‑150 (MQ=255) ggCAAAGCTGGCGGCGGCGGCTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTCCTGcagcag < 2:1890365/150‑1 (MQ=255) gCAAAGCTGGCGGCGGCGGCTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAgg > 2:348608/1‑150 (MQ=255) aaaGCTGGCGGCGGCGGCTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGcc > 1:1249861/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCGGCGGCGGCTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCTGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGt > 2:1135952/1‑150 (MQ=255) gcggcggcTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTAc < 2:253953/150‑1 (MQ=255) ggcTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCCGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTGCTGCAGGAGGccaccga > 1:1123138/1‑135 (MQ=255) 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tttGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAg < 1:567017/117‑1 (MQ=255) tttGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAg > 2:567017/1‑117 (MQ=255) tttGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCg > 1:436425/1‑150 (MQ=255) tttGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGGTGGAGTCATGTGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCg > 2:1228866/1‑150 (MQ=255) ttGGCCTCGGTGGCCTCCTGCCGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGa < 2:663502/150‑1 (MQ=255) ctggacggCCTGCTGCAGGAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGa > 1:483935/7‑145 (MQ=255) ctggacggCCTGCTGCAGGAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGa < 2:483935/139‑1 (MQ=255) cTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAAc > 2:1915279/1‑150 (MQ=255) cTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAAc > 2:351045/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAAcc < 1:772266/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAAccc < 2:1868721/150‑1 (MQ=255) ggTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAg < 1:1878042/138‑1 (MQ=255) ggTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAg > 2:1878042/1‑138 (MQ=255) gacggCCTGCTGCAGGAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTTCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGt < 1:1783168/103‑1 (MQ=255) gacggCCTGCTGCAGGAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTTCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGt > 2:1783168/4‑106 (MQ=255) gTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAACCCAc < 2:1772734/150‑1 (MQ=255) ggCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAACCCACgg < 1:351045/150‑1 (MQ=255) gCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAg < 2:11095/80‑1 (MQ=255) gCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAg > 1:11095/1‑80 (MQ=255) ctcctGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTTCGTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAACCCACGGctc > 1:1841730/1‑150 (MQ=255) tcctGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAACCCACGGctct > 2:655866/1‑150 (MQ=255) cctGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAACCCACGGCTCtt < 1:1637059/150‑1 (MQ=255) | CGGCCGCGGGGCAAAGCTGGCGGCGGCGGCTTCGGCGGGCTCAGGCCGGGCTGGCTGTCGGGCATCGCGTGCCTGCTCCTCGCGCACCGCCTCGGCGAACTCGTCCGCCACTGCCGGCTGCTCGCTCAGGTCTTTGGCCTCGGTGGCCTCCTGCAGCAGGCCGTCCAGGTACGATTGCAGGGCCATCTGGGGCCGGGTGCTGGTTTGCCGGGTTTGAGTCATCAGGCTACCTGCACTGCGTTCTTGTAGGTGAGCAGGTGCTTGAGCAGCGCCCTGTAGGCGATCAACCCACGGCTCTT > NC_002947/4924019‑4924317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |