| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 413997 = | 45 (1.190) | 10 (0.330) | 7/214 | 2.9 | 26.5% | intergenic (+14/‑189) | glnE/waaF | glutamate‑ammonia‑ligase adenylyltransferase/ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase II |
| ? | NC_002947 | 414083 = | 20 (0.670) | intergenic (+100/‑103) | glnE/waaF | glutamate‑ammonia‑ligase adenylyltransferase/ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase II | |||||
AGTGTACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGGCCA > NC_002947/413851‑414139 | aGTGTACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTAtt < 2:335600/150‑1 (MQ=255) tgtACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTcg > 1:731527/1‑150 (MQ=255) gtACAAAGCGTTCCGCTAGGCCGCCCACCGCCAGGACCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTcgc < 2:362971/150‑1 (MQ=255) gtcgccgacccagctggggccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccatctctatattcaggctatgtggcggacagtgtacctctcagttggccTATTcgcg > 2:247031‑M1/143‑150 (MQ=255) tcgccgacccagctggggccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCgg > 1:772431‑M1/142‑150 (MQ=255) aaaGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGc > 1:140347/1‑150 (MQ=255) aaGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCa > 2:502964/1‑150 (MQ=255) cgacccagctggggccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGggctt > 2:688941‑M1/138‑148 (MQ=255) gTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGcc > 2:922668/1‑150 (MQ=255) ttCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGccc > 1:316255/1‑150 (MQ=255) agctggggccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGc < 2:539677‑M1/19‑1 (MQ=255) gggccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGAGGGCAAGCCCGCTCCca > 2:482933‑M1/127‑150 (MQ=255) cggcacaccATCGCTAGGCACTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCca < 2:352768/143‑1 (MQ=255) ccaatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAg > 1:393279‑M1/124‑150 (MQ=255) caatgatcagtattctcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAgg > 1:662264‑M1/123‑150 (MQ=255) cACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCaa < 2:702885/131‑1 (MQ=255) cACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCaa > 1:702885/1‑131 (MQ=255) cACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTcc > 1:452739/1‑140 (MQ=255) cACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTcc < 2:452739/140‑1 (MQ=255) cACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACt > 1:51855/1‑150 (MQ=255) cACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACt < 2:316255/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGTCTTATTCGCAGGCAAACCCGCTCCCACAGGTACTGc > 1:327073/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCCCCCACCGCCGTCAAGTGCGGCGGCTCTGCCGTCAGCCGGGTTTAACCTGATACCGTGTTTGCCTATTCGAGGGCAAGCCCGCTACCACAGGGATTGcaca > 1:138797/1‑150 (MQ=255) cAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAg < 2:49702/150‑1 (MQ=255) cAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAg < 1:922668/150‑1 (MQ=255) cccTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGccc < 1:239298/150‑1 (MQ=255) tcatgcttagtccagaaacgctcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCt < 2:365562‑M1/43‑1 (MQ=255) ccTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCt > 1:839005/1‑150 (MQ=255) tGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGa < 2:140347/150‑1 (MQ=255) aggaggCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAgtg < 2:212187/150‑1 (MQ=255) gaggCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAg < 2:62388/143‑1 (MQ=255) gaggCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGtgtg < 1:502964/150‑1 (MQ=255) gaggCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGAGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAg > 1:62388/1‑143 (MQ=255) ggTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt < 2:839005/150‑1 (MQ=255) tGATCGAGGCGGCACAGTTTGACGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTTCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt < 2:336229/150‑1 (MQ=255) tcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTcgcg < 1:621376‑M1/8‑1 (MQ=255) tcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTcgcg > 2:621376‑M1/87‑94 (MQ=255) tcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCgg > 1:758593‑M1/87‑95 (MQ=255) tcggggaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCgg < 2:758593‑M1/9‑1 (MQ=255) aTCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTgg < 2:51855/150‑1 (MQ=255) cGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGa < 2:836452/150‑1 (MQ=255) gaggctacaggctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGc > 1:365562‑M1/82‑150 (MQ=255) ggCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGc < 2:731527/150‑1 (MQ=255) gctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTc < 2:172193‑M1/5‑1 (MQ=255) gctgcggtacagcctggcctcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTc > 1:172193‑M1/72‑76 (MQ=255) gATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt < 1:589450/127‑1 (MQ=255) gATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt > 2:589450/1‑127 (MQ=255) gATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATa > 2:627510/1‑150 (MQ=255) tGAAGTGCTGCCGATCTGGCGTGGGTTCTGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCTCGGGAAAGCCCGCTCCCACAGGTAATGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGTGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAg < 2:327073/150‑1 (MQ=37) tcccctctttatcttcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt < 2:525773‑M1/61‑1 (MQ=255) tcccctctttatcttcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt > 1:525773‑M1/53‑113 (MQ=255) tcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt > 1:586234‑M1/53‑113 (MQ=255) tcccctctttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt < 2:586234‑M1/61‑1 (MQ=255) ttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt < 1:300251‑M1/63‑1 (MQ=255) ttatattcaggctatgtggcggacagtgtaccactcacatggccTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtgt > 2:300251‑M1/45‑107 (MQ=255) aaGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGGGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATaa < 2:895286/150‑1 (MQ=255) gCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCAt > 2:376931/1‑110 (MQ=255) gCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCAt < 1:376931/110‑1 (MQ=255) cTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAaga < 2:709599/150‑1 (MQ=255) tACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAAGCCaaca < 2:482072/107‑4 (MQ=255) tACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAAGCCaaca > 1:482072/1‑104 (MQ=255) ctcacatggctTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt < 2:415269‑M1/61‑1 (MQ=255) ctcacatggctTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCt > 1:415269‑M1/12‑72 (MQ=255) cGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCt > 2:554717/1‑132 (MQ=255) cGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCt < 1:554717/132‑1 (MQ=255) gtTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGGCCa > 1:204090/1‑150 (MQ=255) cTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGaa > 2:303767/1‑127 (MQ=255) cTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGaa < 1:303767/127‑1 (MQ=255) | AGTGTACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGGCCA > NC_002947/413851‑414139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |