| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1844179 | 0 (0.000) | 31 (0.850) | 28/262 | 0.4 | 66.7% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | 2177745 = | 31 (0.850) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
TAAACTCGGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCCA > NC_002947/2177596‑2177894 | tAAACTCGGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACTCCTCGAACGGCTGCAAAGGGTcc < 1:656622/150‑1 (MQ=255) ggatttcgatggtttccaggttctcgcgcacgtcttcggtggtctggtcgatgctggctcacagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGa < 1:480198‑M2/4‑1 (MQ=255) tCGGGGTCACCACAGGTACCTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACt < 2:682142/150‑1 (MQ=255) atttcgatggtttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACt > 1:46242‑M2/145‑150 (MQ=255) tttcgatggtttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtg > 2:808585‑M2/144‑150 (MQ=255) cgatggtttccaggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACtgtgt < 1:642273‑M2/10‑1 (MQ=255) ccacAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGaaaa > 2:515353/1‑150 (MQ=255) cacaGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAAc > 2:429253/1‑150 (MQ=255) caggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGccc > 2:843433‑M2/131‑150 (MQ=255) caggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttattcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGccc > 1:461804‑M2/131‑150 (MQ=255) ggttctggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCcgc < 1:699046‑M2/22‑1 (MQ=255) tCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGtt < 1:515353/150‑1 (MQ=255) ggcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCTCGGTTGt > 1:77698‑M2/123‑150 (MQ=255) gCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGt > 2:206647/1‑150 (MQ=255) gCCTCCAAGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGt < 1:7490/150‑1 (MQ=255) gcgcacgtcttcggtggcctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTc > 1:872823‑M2/122‑150 (MQ=255) ctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTcgtcgt < 1:843433‑M2/47‑1 (MQ=255) ctggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTcgtcgt < 2:872823‑M2/47‑1 (MQ=255) tggtcgatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTg > 2:723013‑M2/103‑150 (MQ=255) ttcgttcTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTg > 1:134878/1‑140 (MQ=255) ttcgttcTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTg < 2:134878/140‑1 (MQ=255) ttcgttcTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTACAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGa > 1:818060/1‑150 (MQ=255) tcgttcTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCTGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGAc > 2:818902/1‑150 (MQ=255) gatgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGt > 1:806467‑M2/98‑150 (MQ=255) tctcAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTg < 1:206647/150‑1 (MQ=255) atgctgtgttgcagttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTg < 1:791419‑M2/54‑1 (MQ=255) tcAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTggg < 2:566096/150‑1 (MQ=255) aGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAAcc > 2:447602/1‑126 (MQ=255) aGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAAcc < 1:447602/126‑1 (MQ=255) gtCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAAt > 1:904787/1‑150 (MQ=255) ccAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCAt > 2:842937/1‑150 (MQ=255) gttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGa < 1:514824‑M2/67‑1 (MQ=255) ttcttcgtgggcattctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCTCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGaa < 2:77698‑M2/68‑1 (MQ=255) ggAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGGCATCGTCTTCGTAGACACCGCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTCACCTTATGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCAGGaa < 2:904787/150‑1 (MQ=255) gAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCa > 2:687826/1‑145 (MQ=255) gAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCa < 1:687826/145‑1 (MQ=255) attctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGt < 2:550115‑M2/28‑1 (MQ=255) attctgcagggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGt > 1:550115‑M2/71‑98 (MQ=255) gcCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAg < 1:429253/150‑1 (MQ=255) agggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtctagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAg < 2:461804‑M2/87‑1 (MQ=255) agggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAg < 2:806467‑M2/87‑1 (MQ=255) agggtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggcggtcgatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAg > 1:725831‑M2/64‑150 (MQ=255) gtttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTTTGCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCt > 2:871994‑M2/61‑150 (MQ=255) tttcggccatgcggttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTc > 1:168739‑M2/60‑150 (MQ=255) gTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGCGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAATCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGaaag > 2:182988/1‑148 (MQ=255) gttgatgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTAc > 2:394332‑M2/47‑150 (MQ=255) aaTCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTggg < 1:732495/101‑1 (MQ=255) aaTCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTggg > 2:732495/1‑101 (MQ=255) tgccgtgggccagttcgtccagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGCTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTAAATtgc > 2:336449‑M2/42‑150 (MQ=255) gACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATtgc > 2:835937/1‑150 (MQ=255) ccTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGgtcgtc < 1:164210/84‑1 (MQ=255) ccTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGgtcgtc > 2:164210/1‑84 (MQ=255) acacCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCTGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGga < 1:818902/150‑1 (MQ=255) ttcagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGgac < 2:46242‑M2/126‑1 (MQ=255) acCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGgacg > 1:779763/1‑150 (MQ=255) cagctcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGgacga > 1:242667‑M2/23‑150 (MQ=255) tcatggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTAc < 1:871994‑M2/132‑1 (MQ=255) atggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCtt > 2:688486‑M2/17‑52 (MQ=255) atggctgcccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCtt < 1:688486‑M2/36‑1 (MQ=255) ggCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCa > 2:480433/1‑150 (MQ=255) ccatggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATg < 1:394332‑M2/142‑1 (MQ=255) gggTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTAACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGaaa > 1:583649/1‑150 (MQ=255) cCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACa < 2:303308‑M2/105‑1 (MQ=255) cCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACa > 1:303308‑M2/2‑106 (MQ=255) cAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCCa < 1:842937/150‑1 (MQ=255) | TAAACTCGGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAACCCA > NC_002947/2177596‑2177894 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |