| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4957609 = | 1 (0.010) | 106 (1.580) | 71/262 | 0.0 | 99.1% | intergenic (‑47/+116) | fliH/fliG | flagellar assembly protein FliH/flagellar motor switch protein |
| ? | NC_002947 | 5222979 = | NA (NA) | intergenic (‑342/+37) | PP_4602/PP_4603 | AraC family transcriptional regulator/transposase | |||||
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GGGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGC > NC_002947/4957461‑4957758 | gggCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGA > 2:245468‑M2/1‑150 (MQ=255)gggCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGA < 2:1566848‑M2/150‑1 (MQ=255) cttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgagag > 2:1542964‑M1/148‑150 (MQ=255) ttatgttgaacaaggtcttgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGc < 2:450930‑M1/4‑1 (MQ=255) cGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttcc > 1:1110178‑M2/1‑134 (MQ=255) gAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccg < 1:1354424‑M2/150‑18 (MQ=255) aaGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgg > 1:1420484‑M2/1‑132 (MQ=255) tgaggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaatcaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGtaaacccgctctcat > 2:554645‑M1/129‑144 (MQ=255) ggagttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTc < 2:1097884‑M1/25‑1 (MQ=255) gttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGc < 2:246309‑M1/28‑1 (MQ=255) ttcgaaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCa > 1:668365‑M1/122‑150 (MQ=255) aaaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGa < 1:393145‑M1/33‑1 (MQ=255) aaccagaagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGCATGCGTCGGCAgcgcc < 1:732777‑M1/34‑3 (MQ=255) acacaTCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgca > 1:597333‑M2/1‑116 (MQ=255) aagccaagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTc > 1:496563‑M1/111‑150 (MQ=255) caagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCAccc > 1:860700‑M1/107‑120 (MQ=255) caagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCAccc < 2:860700‑M1/14‑1 (MQ=255) aagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCgg < 2:458490‑M1/6‑1 (MQ=255) aagaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCgg > 1:458490‑M1/106‑111 (MQ=255) agaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggacactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTAAACCCGCTAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGc < 2:986122‑M1/46‑1 (MQ=255) agaccggcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGc > 2:1687319‑M1/105‑150 (MQ=255) gCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatga > 1:1370194‑M2/1‑106 (MQ=255) ccTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgagg > 1:1688494‑M2/1‑104 (MQ=255) ccTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaa > 2:612592‑M2/1‑104 (MQ=255) ccTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaa < 1:612592‑M2/143‑40 (MQ=255) gcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaga < 2:1235136‑M1/2‑1 (MQ=255) gcaggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGAc < 2:679416‑M1/34‑1 (MQ=255) cGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCAGGCTGGCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgt < 1:893803‑M2/150‑50 (MQ=255) gAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgta < 1:1671392‑M2/150‑51 (MQ=255) ggtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCggg < 2:1372455‑M1/7‑1 (MQ=255) gtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGt > 2:1683782‑M1/95‑102 (MQ=255) gtccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGAc > 1:1579872‑M1/95‑150 (MQ=255) tccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaga < 2:726278‑M1/2‑1 (MQ=255) tccgggctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACg < 2:804439‑M1/57‑1 (MQ=255) cgggctttgcgaagcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAAt < 2:1448997‑M1/20‑1 (MQ=255) gctttgcttcgcaaagcccggaaactggggtatcaactggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCgg < 2:378757‑M1/27‑1 (MQ=255) 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tttGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaag < 1:1504660‑M2/150‑90 (MQ=255) tttGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCCTGTAGCAGggcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggattcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaag < 2:909889‑M2/150‑90 (MQ=255) actggtggccgcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCgg < 2:1466119‑M1/97‑1 (MQ=255) gCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttg > 1:1566848‑M2/1‑49 (MQ=255) cTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCTGGTAAACCCGCGCCTACAAGAGGCGGCGTCGGCTATGGGa > 1:768772/1‑150 (MQ=255) gcttgagtgcttagaaaacaatgggttgcattttgtttgatgaGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGAc 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1:1544128‑M2/150‑148 (MQ=255) gagatcacccagcccttccgggctgcgctgtcgcgcagcaaacatgaggtgtacggcttcagttccgcagcgacgctgacattttgaaaaagaaaaggcggttggcccggtagggccagcc < 1:1080660‑M2/121‑119 (MQ=255) | GGGCTCCGGTTCCGGGTCGAAGCTTGGCAGCGTCCACACATCCACGCCCTCGAGGTCGCGGGCACGGATCAGGTCGCTGGGGTGGTGTTCTTTGGTGGGCATGCTGTCATGTTCTCAAACCATGTTCGGCCGACACGGTCCCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGTCGGCAGCGACAACCTCGATTGCCAGGACCGACGCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAAGGCGGCGTCGGCTATGGGATCGCGAATACCTTAGATCATTTCCTCGGCGCCCTTGCCGCCGAGC > NC_002947/4957461‑4957758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |